本研究以巴马香猪为研究对象,利用RNA-seq技术和凝胶双向电泳蛋白质组学研究技术筛选30、180日龄巴马香猪背最长肌中的差异表达基因,结合肌肉代谢关键酶活性、血液生化指标、相关基因表达水平方面研究,初步揭示巴马香猪与长白猪肌肉发育及其肉质品质差异的分子机制,研究结果如下:1.巴马香猪和长白猪肉质性状、代谢相关酶活及血液生化指标的测定:(1)180日龄巴马香猪背膘厚为4.23±0.15cm,显著高于长白猪的1.47±0.21cm(p<0.05);肌肉电导率为2.80±0.49ms,显著低于长白猪的4.24±0.51ms(p<0.05);肌肉肉色Opto值为64.64±2.80高于长白猪的63.44±0.88,差异不显著;肌肉剪切力16.13±1.26N低于长白猪的17.89±0.96N,差异不显著;眼肌面积为13.63±0.41cm2极显著低于于长白猪的36.58±2.37 cm2(p<0.01)。(2)巴马香猪和长白猪代谢关键酶活性、血液生化指标发育模式一致;0日龄时巴马香猪游离脂肪酸浓度显著高于长白猪(p<0.05),LDH、TC、TG、LDL、HDL浓度显著低于长白猪(p<0.05);30日龄时巴马香猪游离脂肪酸浓度、LDH、SDH、MDH、TG浓度显著高于长白猪(p<0.05),TC浓度显著低于长白猪(p<0.05);180日龄时游离脂肪酸浓度、LPL、SDH、MDH、TG、LDL、HDL浓度显著高于长白猪(p<0.05),LDH显著低于长白猪(p<0.05)。(3)巴马香猪肌肉组织LPL、LDH、MDH、SDH与肌内脂肪含量无显著性相关(p>0.05)。2.巴马香猪、长白猪肌肉组织样品RNA-seq测序,结果如下:(1)30日龄和180日龄的巴马香猪、长白猪肌背最长肌肉组织样分别获得 23,051,730、21,475,968、23,000,120、18,698,878 对 clean reads,巴马香猪共拼接得到27491个转录本,19655(71.49%)个Unigene被注释到数据库中,7836(28.51%)个Unigene没有被注释,长白猪共拼接了 69686个转录本,43447(62.34%)个Unigene被注释到数据库中,26239(37.66%)个Unigene没有被注释。(2)30日龄与180日龄巴马香猪相比,有1380个差异基因,上调基因1141个,下调基因239个;2873,2713,323个基因具有一个或者多个GO注释到生物过程、细胞组成、分子功能中;206个差异基因得到KEGG Pat hway,涉及178条通路,在30日龄和180日龄巴马香猪肌肉组织中分别发现 43656、37646 个 SNP 位点。(3)30日龄与180日龄长白猪之间有351个差异基因,上调基因212个,下调基因139个;2609,1894,892个基因具有一个或者多个GO注释到生物过程、细胞组成、分子功能中;长白猪中共有258个差异基因得到了 KEGG Pathway,涉及126条通路,长白猪30日龄和180日龄肌肉组织分别发现10811、7762个SNP位点。3.巴马香猪、长白猪肌肉组织样品2-DE测定:(1)猪肌肉蛋白点的等电点(pI)值在4-7之间,分子量在25-100 kDa范围之内,总共有276个差异蛋白,149个蛋白点在30日龄时高表达,118个蛋白点在180日龄时高表达。(2)30与180日龄巴马香猪共鉴定成功了 67个差异倍数在3以上的差异蛋白,30日龄高表达的32个,180日龄高表达的35个。(3)180日龄巴马香猪与长白猪间共鉴定成了 16个差异倍数在3以上的差异蛋白,巴马香猪高表达的13个,长白猪高表达的3个。4.不同发育阶段猪背最长肌关键后选基因的表达差异分析:(1)巴马香猪和长白猪背最长肌NDUFS3、NDUFAB1、IDH3A、NU6 M、ATP5B、ATP5H、HUAMLC2B、MYL1、ADPN基因 mRNA 丰度基本一致,具有显著的年龄依赖变化,随着年龄的增加而下降(p<0.05)。(2)巴马香猪背最长肌NDUFAB1、NU6M基因mRNA表达水平与肌间脂肪含量正相关,相关系数分别为:0.826(p<0.05)、0.848(p<0.05);A TP55H基因mRNA表达水平与肌间脂肪含量负相关,相关系数为-0.894(p<0.05);HUMML2CB基因mRNA表达水平与肌肉剪切力、肌肉电导率、肌间脂肪含量负相关,相关系数分别为:-0.984(p<0.01),-0.895(p<0.05)、0.894(p<0.05);TPI基因mRNA表达水平与肌肉剪切力、电导率极相关、肌间脂肪含量相关,相关系数分别为:0.880(p<0.01)、0.852(p<0.01)、0.820(p<0.05);ADPN基因mRNA表达水平与肌肉剪切力相关,相关系数为:0.840(p<0.05)。