在攘夷论甚嚣尘上的江户幕府末期,幕府与部分持开明态度的地方强藩的有识之士便致力于海上力量的建设。明治政府掌握全国政权之后,以接收的幕府与各藩军舰与人员为基础,建立起统一的日本海军,其中,萨摩藩、佐贺藩、旧幕府作为主要组成而形成三足鼎立之势。在明治初年,鉴于所面临的外来侵略威胁,海防事务被作为国防的重中之重,因此确立了海主陆从的基本原则。但是,随着西乡隆盛在“征韩论”中失势下野,萨摩藩出身者多随其退出政治中枢,特别是之后的西南战争,使得萨摩藩阀势力大大削弱,长州藩力量迅速崛起。在此后的倾辄中,由长州藩阀主导的陆军逐渐压倒萨摩藩阀控制的海军,导致了“陆主海从”局面的出现。由于海军在国家防卫与海外扩张中的特殊作用,尽管过程曲折,但是在萨摩藩阀中文官集团以至明治天皇本人的扶植下,日本海军势力不断上升,同时经过山本权兵卫主导的人员整理,使得海军由于有了向陆军发起挑战的资本,最终,由于侵略战争的需要,明治二十六年,以海军军令部建立为标志,日本海军的军令体制终于得以脱离陆军的直接控制而独立。