生物多样性在支撑生态系统稳定性方面发挥着重要作用,而物种多样性是生物多样性的核心,东海传统的生物多样性调查主要为底拖网调查,往往耗费大量人力物力并且破坏生态系统。环境DNA技术是指从环境样本中直接提取DNA片段后利用PCR和测序技术进行定性或定量分析,从而确定目标生物在该环境中的分布的研究方法,为避免调查所造成的生物系统的破坏,这种非侵略性调查方法将逐渐成为生物调查的主流。本研究应用环境DNA技术对东海秋季鱼类物种多样性进行分析,主要研究结果如下:1、基于引物MiFish-E的东海秋季环境DNA鱼类物种多样性评估中,共测定14个站点,高质量序列在28 582-50 594之间,共获得2纲,23目,29科,42属,44种海水鱼类,大部分种类在东海传统渔业资源调查中均有出现,其中,鲱形目和鲭形目的种类较多,分别为8种和7种。相对序列丰度较高的物种为赤鼻棱鳀（Thryssa kammalensis）、蓝点马鲛（Scomberomorus niphonius）、日本鲐（Scomber japonicus）、小黄鱼（Larimichthys polyactis）、鲻（Mugil cephalus）,其中相对序列丰度最高的物种赤鼻棱鳀在历史的传统渔业资源调查中未被列为优势鱼种。各站点检出鱼种数量差异较大,范围在3-18。站点间α多样性差异较大,总体上呈现近海站点生物多样性高,远海站点生物丰度高的特点。2、基于引物MiFish-U的东海秋季环境DNA鱼类物种多样性评估中,14个站点的高质量序列在30 938-129 832之间,共检测出2纲,15目,18科,27属,28种海水鱼类,其中鲱形目种类最多,共6种。相对序列丰度较高的物种为海鳗（Muraenesox cinereus）、远东拟沙丁鱼（Sardinops melanostictus）、日本鲐、七星底灯鱼（Benthosema pterotum）、小黄鱼。各站点检出鱼种数量差异较小,范围在13-17。站点间α多样性差异较小,物种均匀度较高,总体上近岸站点的生物丰富度高一些,而远海站点的生物多样性高一些。3、将引物MiFish-E和MiFish-U的东海秋季环境DNA鱼类物种检测结果合并,一共获得2纲,27目,36科,53属,56种海水鱼类。引物MiFish-U的扩增产物获得更多的高质量序列,其优势鱼种检测结果也更可靠;而引物MiFish-E检测软骨鱼类的能力更强,在14个站点检测出的鱼种总数更多。引物MiFish-U检测出的东海14个站点的鱼类物种的均匀度和多样性更高,而引物MiFish-E检测出的东海14个站点的鱼类物种的丰富度更高,且丰富度指数分布范围更广。研究结果表明环境DNA技术可以作为传统渔业资源调查的补充,对东海海域鱼类物种多样性及空间分布进行快速检测,便捷、经济、高效以及无损性的优势使其在东海这类典型陆缘海域的生物多样性研究中有良好的应用前景。同时,建议在今后的基于环境DNA技术的东海鱼类物种多样性调查中增加同一经纬度的站点设计,同一站点应尽量分别采集昼夜样本,合理设计采样深度,并进行长期监测。