《刑事诉讼法》规定的专家辅助人制度以概念性、原则性内容为主,专家辅助人资格、申请程序和方式、质证程序和方式等制度具体内容在立法中存在空白,致使司法实践中制度运行混乱、标准不一。近八年司法实践中积累的大量案例暴露出了诸多问题,也为制度运行的规范与完善提供了宝贵经验。本文主要采取实证研究的方法,以刑事诉讼专家辅助人制度的运行实践为研究对象,对237份裁判文书和29份庭审视频进行整理,旨在了解和分析制度的运行状况,进而发现制度运行存在的问题,提出相应的完善建议。本文除引言外,正文共分为四个部分,全文约两万五千字。第一部分对实证研究样本来源及研究可行性进行说明。刑事诉讼专家辅助人制度八年的司法实践,为实证研究提供了较为充足的样本。在中国裁判文书网进行检索并筛选整合,共获得237份有效样本。样本来自30个省级行政区,不同地域因经济社会发展差异和司法实践差异分布不均,但总体在地域覆盖上具有全面性;样本数量在2013年至2018年呈逐年上升趋势,2019年和2020年限于文书上传的滞后性和周期性,收集数量尚不完整,总体在时间分布上符合制度从实施到逐渐被接受适用的规律;样本既有一审案件也有二审案件,一审案件占比较高,同时一审程序和二审程序同时聘任的情况较少,总体在审级分布上具有合理性。在中国庭审公开网进行检索并筛选整合,共获得29份有效样本。庭审视频在网络上进行公开的时间较晚、范围有限,获得的样本数量较少,但可以详细地展示专家辅助人参与诉讼的过程,具有较大实证研究价值。第二部分根据整理的样本数据分析制度运行状况。专家辅助人参与案件占含鉴定意见案件的比例不足千分之一,占含争议鉴定意见案件的比例不足百分之一,专家辅助人制度适用率极低;在司法鉴定二级分类基础上,参考司法鉴定机构业务范围,专家辅助人质证鉴定意见类型可分为26种,其中法医学人体损伤和法医学尸体检验鉴定意见占比高达55%,类型高度集中,此外还存在质证对象不是鉴定意见的情况,超越法律规定;专家辅助人资格条件无统一标准,资格要素以专业知识水平、机构组织身份、职务等不同标准评价划分,资格审核时间主要有法院庭前审核和控辩审三方当庭审核两种情况,审核内容以较宽泛的鉴定意见所涉专业资格为主,忽视争议问题所涉专业资格;在不同聘任主体中,公诉方和辩护方占比较高,被害人占比较低,还存在法院聘任的情况,两方及以上同时聘任的情况极少;专家辅助人出庭程序分为启动程序和质证程序,启动程序须聘任主体提交书面申请并由法庭同意,不予同意理由主要有专家辅助人不具备资格和鉴定意见不存在异议,质证程序分为出庭质证时间和出庭质证环节。第三部分根据数据反映的制度运行状况分析其中存在的问题。刑事诉讼专家辅助人制度在总体上适用率低且质证鉴定意见类型单一,立法缺失、专家辅助人资源有限和经济上的负担使得法官和当事人对该制度望而却步,类案数量、聘任主体思维局限和专家辅助人资源有限使得质证鉴定意见类型单一;专家辅助人资格缺乏条件标准、资格审核操作各异;专家辅助人制度存在滥用现象,一方面公诉机关存在滥用专家辅助人制度“顶替”鉴定人出庭的可能,法院聘任实际超越了《刑事诉讼法》的规定,另一方面因司法鉴定制度无法给所有专业问题预设鉴定人,有些问题也无需进行鉴定,除法律规定的鉴定意见外,专家辅助人出庭会对案件其他专业问题发表意见;专家辅助人出庭质证程序形式化,表现为鉴定人不出庭、鉴定人与专家辅助人分别出庭和缺少对质三方面。第四部分针对制度运行问题提出相应建议。以多形式集合专家辅助人资源,建立“共享性”的专家辅助人名册,鼓励“服务性”的专家辅助人事务所,使得有质证需求的主体尤其是辩方可以便宜地聘任;明确专家辅助人资格条件与审核,明确以职称、执业资格、工作经验和学历为主的资格要素组成资格条件,重视审核争议问题所涉专业资格,以庭前审核为主、当庭审核为辅,充分利用庭前会议确定专家辅助人资格;规范控辩审三方的适用行为,将聘任主体与专家辅助人质证对象对应,避免制度滥用并保证专家辅助人客观中立性;规范专家辅助人出庭质证程序,将质证程序设置在鉴定意见质证环节,或是在对鉴定意见存在较大争议时设置在全部证据举示完毕之后。在鉴定人出庭的情况下,安排鉴定人、专家辅助人同时在庭。询问规则以控辩审三方直接询问、控辩双方交叉询问为主,以鉴定人与专家辅助人对质询问为必要补充。