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本文采用微卫星分子标记技术（Microsatellite marker，也叫Simple Sequence Repeats，SSR），对栉孔扇贝（♀）×虾夷扇贝（♂）的杂交F1及选育后的F2、F3代进行遗传分析。从60对栉孔扇贝和虾夷扇贝的微卫星引物中筛选出10对扩增条带清晰，丰富的微卫星引物对3个群体进行了扩增，共获得了68个等位基因，平均每对引物组合产生了6.80条多态位点。10对微卫星引物的多态信息含量（PIC），范围在0.4729-0.8429之间。3个世代群体的平均杂合度观测值分别为0.6900、0.7025、0.6893，平均杂合度期望值分别为0.8315、0.7751、0.7379、在Hardy-Weinberg平衡条件下，进行了P检验，表明3个群体中有9个位点发生了显著偏离；对3个群体进行了配对的Fst值计算，发现3个群体之间的遗传分化较弱。从变异贡献率来看，98.31％的变异来自个体之间，1.69％的变异来自群体之间。根据10个微卫星位点的PCR扩增结果，计算出杂交扇贝3个世代群体间的遗传相似性指数和遗传距离，结果表明F1代和F3代群体之间的遗传距离最大为0.0859，遗传相似性最低为0.9176，F2代和F3代群体之间的遗传距离最小为0.0288，遗传相似性最高为0.9716。遗传多样性指数表明随着选育世代的增加，遗传多样性呈下降趋势。
用SRAP（sequence-related amplified polymorphism，序列相关扩增多态性）技术对栉孔扇贝（♀）、虾夷扇贝（♂）以及其杂交子一代进行分析，筛选出9对多态性丰富，条带清晰的引物对3个群体共90个个体进行了分析。9对引物共扩增出121条大小介于150-330bp之间的扩增条带，其中多态条带为107条，平均每对引物组合产生11.89条多态标记。Shannon信息指数分别为0.2999、0.2189、0.3343，Neis基因多样性指数分别是0.1964、0.1411、0.2189，栉孔扇贝与杂交子代的遗传距离是0.1074，虾夷扇贝与杂交子代的遗传距离是0.2287，聚类分析也显示了这一特点。
利用SRAP技术对栉孔扇贝（♀）、虾夷扇贝（♂）以及其杂交子第一代到第三代（F1、F2、F3）进行了遗传分析。从64对SRAP引物中筛选出9对多态性丰富，条带清晰的引物对5个群体共150个个体进行了分析。9对引物共扩增出121条大小介于150-330bp之间的扩增条带，其中多态条带为107条，平均每对引物组合产生11.89条多态标记。Shannon信息指数分别为0.2999、0.2189、0.3343、0.3258、0.3175，Neis基因多样性也是杂交后代高于亲本。相邻世代群体之间的遗传分化指数F1和F2之间是0.0858，F2和F3之间是0.0094。世代群体间的遗传相似性逐渐增加，栉孔扇贝与杂交后代的遗传距离分别是0.1118、0.0933、0.0991，虾夷扇贝与杂交后代的遗传距离分别是0.2322、0.2133、0.2229，聚类分析也显示了这一特点。