粘体动物（Myxozoan）是一类世界分布、物种丰富、个体微小的专性寄生虫,他们大部分寄生于鱼类,少数寄生两栖类、鸟类、爬行类等。近年来,系统发育基因组学研究证实了粘体动物是一类刺胞动物（Cnidarian）,与寄生性刺胞动物螅形多足虫（Polypodium hydriforme）成姊妹群。然而,粘体动物目前研究有两个问题尚未得到解决:（1）由自由生的生活方式转变为专性寄生的生活方式这一过程中,粘体动物与其刺胞动物祖先相比形态发生了极度的简化。然而,粘体动物的遗传信息是否同样发生大幅缩减尚不清楚;（2）粘体动物内部的系统发育关系还不明确。粘体动物内部的系统发育分析主要依靠单基因,有限的信息位点使其结果并不稳定可靠。因此,本研究利用第二代高通量测序技术对4个粘体动物物种的转录组进行测序,结合现有发表数据,对粘体动物两纲、七属共十一物种进行系统发育基因组学分析,解析粘体动物内部系统发育关系。同时,作者搜寻并鉴定了7个粘体动物转录组和4个粘体动物基因组的信号通路、神经后突触信号传导、先天性免疫、有性生殖相关的功能蛋白,并开发流程对结果蛋白进行了宿主污染鉴定,对特定蛋白如:Wnt蛋白、COesterase结构域等进行了更为深入的系统发育分析。主要研究结果如下:一、粘体动物经历了极端的遗传简化,丢失了大量后生动物普遍拥有的蛋白。粘体动物的信号通路、神经后突触信号传导、先天性免疫、有性生殖相关功能蛋白都存在不同程度的缺失。另外,基于粘体动物信号通路相关蛋白的研究结果,我们提出了一个推测,粘体动物APC蛋白和Axin蛋白的缺失将使得Wnt信号通路持续激活,SUFU蛋白的缺失将使得Hedgehog信号通路持续激活。也就是说,信号通路关键组件的缺失可能会可能导致粘体动物的基因表达持续处于激活状态,使得粘体动物获得扩增繁殖优势。我们将这一推测命名为粘体动物信号通路优势假说。二、本研究利用系统发育基因组学,得到了一个非常稳定的粘体动物内部系统发育树,系统发育树显示单极虫（Thelohanellus）物种聚在碘泡虫（Myxobolus）物种内部,使得碘泡虫属呈并系。为了进一步讨论单极虫属和碘泡虫属的分类学矛盾,本研究重建了碘泡科物种系统发育关系,追溯了单极虫单个极囊特征的起源与进化过程。本研究发现单极虫属呈多系,并且有多种起源方式,分别是直接型、渐进型、曲折型,这说明了单个极囊特征无法代表单极虫物种间的亲缘关系,无法作为一个有效区分碘泡虫属和单极虫属的分类学指标。然而,单极虫属的存在方便了粘孢子虫物种特别是致病物种的鉴定,本研究暂不取消单极虫属。