铁皮石斛(DendrobiumofficinaleKimuraetMigo)是兰科(Orchidaceae)石斛属(Dendrobium)的一种多年生植物,具有滋阴清热、生津益胃、润肺止咳、抗癌防老等功效,应用历史悠久。铁皮石斛的药用价值很大,被列为中华九大仙草之首。鉴于此,人们大量采挖铁皮石斛,使得其野生资源日趋匮乏,濒临灭绝。因而,需要对其遗传多样性进行研究,进而找出保护对策。　　 本研究采用磁珠富集法开发铁皮石斛的微卫星,共获得150条含微卫星的DNA序列,根据微卫星两端序列保守的特性对其中的30条微卫星序列设计了引物。经过聚丙烯酰胺凝胶检测共开发出15条具有多态性的引物,对永嘉居群的24个样本进行了多态性分析,获得的等位基因数为2-11个不等,平均等位基因数为4.67个。利用POPGENE32计算出表观杂合度的值为0.067到0.800,平均值为0.476;期望杂合度的值为0.064到0.882,平均值为0.597;有两个位点偏离哈温平衡,均无连锁不平衡现象。本研究可为铁皮石斛的遗传结构及遗传多样性的研究奠定基础。　　 本研究还运用RAMP分子标记对铁皮石斛的遗传多样性进行了研究。利用5’锚定的低聚核苷酸GC(CA)4和GT(CA)4与30条RAPD引物组成的60个引物组合对4份材料预扩增。筛选出16个多态性引物组合用于铁皮石斛9个居群的多态性检测,共产生123条扩增条带,扩增条带变幅为4-11条不等,平均每个引物组合可扩增出7.69条带。在123条带中,能揭示材料间多态性的扩增带有87条,占70.73％,每个引物组合可扩增出3-8条多态性条带,平均为5.44.条。基于RAMP多态性数据,在NTSYS-PC(version2.10s)软件系统下利用Nei&Li的遗传相似性系数进行聚类分析,可将9个居群分开。遗传相似系数(GS)的变化范围为0.250-0.8125,平均值为0.55。基于遗传相似系数,利用UPGMA法进行遗传相似性聚类,9个居群可以划分为三个明显的组群,第一组群包括江西南丰、广西天峨和浙江雁荡三个居群,遗传相似系数分布范围在0.625-0.813;第二组群包括广西乐业、贵州三都、广东韶关和湖南郴州四个居群,遗传相似系数分布范围在0.500-0.813;第三组群包括广西西林和云南广南两个居群,遗传相似系数在0.750。本研究可用于铁皮石斛居群遗传特征以及保护遗传学的研究。