作为我国高等教育体系中重要的组成部分,民办高校近年来呈高速发展的势头。但民办高校家族式管理比较普遍,投资与管理没有相对分离,从而影响了民办高校的可持续发展。本文以此为背景,以相关理论为依托,从投资与管理相对分离这一基本概念出发,分析了民办高校内部治理的现状,提出了民办高校内部治理的基本框架,探讨了完善民办高校内部治理结构的路径。这一研究对于我国民办高校的可持续发展具有重要意义。本研究理论研究与案例分析相结合,首先是以利益相关者理论、委托代理理论、法人理论为理论基础,分别分析了三种理论对于完善民办高校内部治理的启示。其次,以S学院为例,从三个方面具体分析了民办高校内部质量存在的问题,并从大学制度的缺失、大学理念的失范、经营权与教学权的分离三个方面阐释了原因之所在。再次,构建了民办高校内部治理结构,提出要推进投资与管理的相对分离,并基于此构想了法人治理结构、运行机制。最后,研究了民办高校内部治理结构优化的路径,提出明晰产权,建立适合民办高校法人治理的财产权制度；完善董事会,建立适合民办高校法人治理的决策制度；推行职业校长制,建立适合民办高校法人治理的管理制度；树立利益相关者共同治理理念,建立适合民办高校法人治理的制衡、约束与激励机制。