科技发展是立国之本,强国之基,是推动我国经济发展的不竭动力,而财政科技投入又是推动科技发展的重要因素。近年,我国财政在科技领域中的投入规模不断扩大,随之而来财政科技投入效率也成为各方关注的焦点。目前,我国大多数学者在测度财政科技投入效率时主要采用的是数据包络分析法(Data Envelopment Analysis,DEA),但此方法未考虑到环境因素和随机误差对效率值的影响,因此测度的效率值并不能真实反映我国财政科技投入效率的水平。我国经济区域间发展的不平衡使得东部地区与西部地区在科技、文化、教育、医疗等多个方面有着较大的差距,这些因素必然会影响效率值的评估,因此本文采用三阶段DEA模型对我国财政科技投入效率进行评价,与传统DEA模型相比,三阶段DEA模型能够剔除外部环境因素和随机误差对决策单元效率值的影响,提高了各个观测对象同质水平,使得观测的效率值更能符合我国财政科技投入的真实效率水平。由于三阶段DEA模型只能横向分析我国各省的财政科技投入效率值,而不能纵向分析各年效率值的变化情况,因此再使用Malmquist生产率指数模型进行纵向动态分析,以求从静态和动态两个角度对我国财政科技投入的效率做出全面评价。研究结果表明:第一,经调整过后的我国财政科技投入技术效率偏低源于规模无效率,并且东西部地区规模效率差距巨大,说明我国西部地区财政科技投入较少,需要增加对西部地区的转移支付力度;第二,我国财政科技投入生产率的提升源于技术效率中规模效率的改善;第三,在剔除环境因素和随机因素的影响之后,第一和第三阶段DEA效率值存在着明显的差异,并且第三阶段的效率值和产出变量的相关性更强。通过实证分析,提出以下对策:第一,我国建立财政科技投入增长长效机制,以保证我国财政科技投入持续增长;第二,要优化财政科技投入结构,缩小东西部地区之间投入规模的差距;第三,发展科技市场,提升科技成果转化率;第四,促进财政科技投入资金管理效率,减少科研经费的浪费。