克氏原螯虾原产于中南美洲,已扩展至世界各地。近些年来,该物种在我国迅速扩散,成为长江中下游地区较为常见的外来物种,在安徽省已经扩散到境内的主要水系。目前需要深入研究克氏原螯虾的种群结构,了解其入侵进程和扩散规律,理解入侵进程和扩散机制,为制定外来物种的控制和管理措施提供科学依据。长江、淮河、新安江形成了安徽三大水系。江淮之间与长江新安江之间的景观特征存在明显的差异。本文旨在探讨这些景观差异对克氏原螯虾扩散过程中种群遗传格局的影响。本研究根据三大流域水系特征采集了9个地点的182个样品,利用9对微卫星分子标记,通过PCR扩增和微卫星分型,分析种群遗传多样性水平和遗传结构,构建各居群间的遗传距离聚类,计算居群的距离隔离格局。克氏原螯虾种群遗传多样性处于较高水平,本研究区域样品共获得等位基因177个,平均等位基因数为19.667。总的期望杂合度和观测杂合度分别为0.779和0.360。其中,望江居群遗传多样性最高(期望杂合度为0.761),肥西居群遗传多样性最低(期望杂合度为0.565)。克氏原螯虾种群显示极强的杂合子缺失。人为捕捞可能是造成克氏原螯虾种群私有等位基因数目较多和杂合子的缺失主要原因。瓶颈效应的计算结果显示：在IAM检测中,Wilcoxon检测城东湖、巢湖、东至和望江居群可能存在瓶颈(P<0.05)；在TPM检测中,Sign检测菜子湖居群可能存在瓶颈(P<0.05),Wilcoxon检测巢湖居群可能存在瓶颈(P<0.05)；SMM检测中,Sign检测菜子湖、东至、新安江三个居群可能存在瓶颈(P<0.05)。分子变异分析(AMOVA)表明,居群内所占总变异的比例显著高于居群间所占的比例(12.96%),说明种群在各居群间分化显著。对所有居群间和区域按照三个层次划分,克氏原螯虾区域之间的遗传变异为4.82%,居群之间的遗传变异为8.14%,居群内部的遗传变异为87.04%。9个微卫星位点的系统聚类结果显示,所有样品大致聚为6个较大的枝,并表现出一定的遗传距离。潜在亚种群构成结果显示最有可能的亚种群数为2,群体的平均基因流为2.443,不同采样点的基因流程度较高,居群分化与地理距离呈显著正相关(r=0.328,P=0.045),望江居群和城东湖居群存在明显的跳跃性扩散。水系间的交流是螯虾扩散的主要途径,人为因素对其种群扩散也有一定的作用。