随着我国融入全球化程度的不断加深、市场化改革和社会主义民主政治建设的进一步推进,尤其在目前金融危机席卷全球的国际背景下,地方保护主义抬头,地方之间的利益分化有加深的趋势,而目前尚不规范的地方政府合作组织没能扭转地方利益失调的局面,单个地方政府的理性行为在跨区域性公共事务治理中就成了非理性行为,这就导致大量的跨区域性公共问题不能得到及时解决。然而,目前直接以地方利益协调为视角来探讨跨区域性公共事务有效治理的深层研究却鲜有。因此,笔者提出了“跨区域公共事务治理中地方利益协调机制研究”这一论题,希望通过此课题的研究,为协调地方利益尽绵薄之力。本论文通过对地方利益协调的理论基础进行梳理,并且引入囚徒困境理论,分析了地方政府与中央政府、地方政府与地方政府间的博弈行为,总结了阻碍地方利益协调的问题,并且深层次挖掘了阻碍地方利益协调问题的原因,如法律制度的缺失,片面追求经济绩效的政绩考核制度以及跨区域协调组织未发挥应有作用等。在借鉴发达国家治理跨区域公共事务成功的经验和失误的教训基础上,提出了建立我国跨区域公共事务治理中地方利益协调机制的构想:以科学发展观为指导重塑区域治理理念,逐步淡化“行政区经济”观念;重点强化针对跨区域问题的公共政策的制定与实施;积极探索利益协调方式,拓宽利益沟通渠道;同时要完善财税体制、政绩考核制度、法律制度等行之有效的制度保障;最后,构建一个网络状的从中央到地方,从非政府组织到公众参与的跨区域公共事务治理体系。本文旨在探索规制地方政府逐利性的科学、合理、有效的地方利益协调机制,以形成整体利益来抗衡外部国际金融风暴的冲击。