紫萼藓（Grimmiaceae）科植物多生长在砂土上或裸露的岩石上，为典型的耐旱藓类。据报道全世界有12个属，中国有6个属。主要分布在温寒地区，也常见于亚热带高海拔地区。本研究以紫萼藓科植物为研究对象，用叶绿体rps4基因和trnL-F基因作为分析指标。通过DNA直接测序获得了紫萼藓科3属39种rps4与trnL-F序列，并从Genbank中下载了相关科属种的部分序列。利用Clustalx、MEGA5.0等生物信息学软件对序列进行比对分析。采用最大似然法（ML）和邻接法（NJ）建立系统发育树，并结合形态学的分支分析，讨论了紫萼藓科内各属种之间亲缘关系以及其与缩叶藓科之间的亲缘关系。初步结果如下：1.在分支分类学研究中，连轴藓属（Schistidium）虽然没有聚类成独立的类群，但也未与紫萼藓属（Grimmia）聚类到一起，因此，不支持将连轴藓属作为紫萼藓属的亚属的观点。2.在分支分类聚类树中，旱藓属（Indusiella）和缨齿藓属（Jaffueliobryum）以及缩叶藓属（Ptychomitrium）都与紫萼藓属植物聚类到了一起，其形态特征与紫萼藓属有相近之处，亲缘关系较近。3.在分子系统学的研究中，紫萼藓科内的砂藓属（Racomitrium）形成了一个独立稳定的类群，并与紫萼藓属、连轴藓属以及筛齿藓（Coscinodon）属构成姊妹类群。4.在本实验得到的分子系统树中小孔筛齿藓（Grimmia cribrosa）与褶叶紫萼藓（Grimmia alpestri）一起聚类到了紫萼藓属中。而在经典分类中，它们的植物体结构也很相似，据分析筛齿藓属与紫萼藓属同源性较高，亲缘关系较近。5.基于分子数据并结合形态学分析，缩叶藓属与旱藓属、缨齿藓属同源性高，亲缘关系交近。应属于紫萼藓科的范畴。