缺氧耐受性或易感性的基因生物信息学研究

来源 :西安电子科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:myywy123456
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
随着人类对于基因深入、细致的了解,基因治疗也成为了疾病治疗的新策略,例如对缺氧耐受性和易感性的研究用于治疗因缺氧为主要诱因的疾病。并且随着基因芯片技术的广泛应用,可通过DNA微阵列技术将采集到的细胞进行处理从而得到基因表达数据用于之后的分析和预测。由于基因表达数据的规模庞大,而与之对应的具有相关功能的基因却极为有限,使得聚类分析已经成为了当前基因表达数据分析的主要手段。聚类算法的主要思想是通过相似性度量的方式将数据集进行分类,使得具有相似或相关功能的基因被分在一个类簇中,从而利用已知功能的基因预测出那些未知功能的基因。本文对用于缺氧耐受性研究的相关数据进行了整合、分析,设计并实现了一个小型本地专用数据库,提出了一种结合K-均值聚类和均链接层次聚类的聚类算法进行数据分析,最后通过实验预测出人类基因中可能参与缺氧适应的部分。主要工作如下:(1)选取Haddad实验室特意培养的缺氧耐受果蝇作为研究对象。基于课题需求,还需要从其他多个公共数据库获取所需数据,包括基因信息数据、基因本体数据以及相关直系同源基因数据等。因此,为了方便信息的获取、处理以及分析,需要首先对获取的数据进行清理整合和研究分析,以便理解其所包含的具体意义,并在此基础上利用数据库的第三范式设计标准设计数据库结构、表间关系以及表内实体属性,用于建立一个小型的本地专用数据库用于之后的分析处理。同时,设计相关的软件工具用于对数据进行处理和导入。(2)通过比较层次聚类和K-均值聚类这两个常用的聚类算法,并分析比较层次聚类中的四种连接方式,提出了一种结合均连接层次聚类和K-均值聚类的方法进行聚类分析的一种聚类算法。后通过FOM测量对各聚类算法的性能进行比较分析,结果表明结合均连接层次聚类和K-均值聚类的聚类算法具有最好的聚类效能,并以该算法得到的结果作为基础进行之后的分析。(3)随后根据FOM的测量的实验结果,观察拐点并预测合适的类簇划分,并借助已知的两个与缺氧耐受性相关的基因,从所有的类簇中找出可能与缺氧耐受性相关基因组群。最后通过对照果蝇与人类的直系同源基因分析出人类可能参与缺氧适应相关的基因。本文以分析人类基因中与缺氧耐受性相关的部分为研究目标,设计实现本地小型数据库,对实验数据进行分析整合,提出了一种新的聚类算法。实验结果表明,该算法相比于其他传统聚类算法效果更好。最后,利用本文提出的算法预测了人类基因组中可能与缺氧耐受性相关的部分,为基因治疗中与缺氧耐受性相关的疾病提供了一种研究方向。
其他文献
颅颌面在矢状向、垂直向或横向的发育异常可能导致不同的错牙合畸形。随着现代正畸学的发展以及人们生活水平的不断提高,不仅只是正畸医生将患者的侧貌分析作为诊断中重要的一项,人们对于美的追求也越来重视,越来越多的人把改善面形侧貌作为正畸的主诉。侧貌的凹凸是颌骨矢状向异常的体现,因此,矢状向的错牙合具有重要的美学、心理和功能意义,通常是口腔正畸以及正颌治疗的首要问题。X线头影测量分析是每一个正畸医生做出正确
随着我国电力工业的快速发展,我国电力改革的步伐加快,使得管理变革已经成为了电网公司稳定发展且迫在眉睫的必要内容。而电网的安全稳定是电网公司运营的核心之一,且是电网
在当今技术日新月异、市场全球化和行业界限模糊的情况下,高新技术企业管理者面临的创新压力加大,仅依靠影响较小的累积性创新无法满足市场竞争的需要,企业期望通过突破性创新大幅改善产品性能,开辟新兴市场并取得领先地位。本文通过构建营销能力、技术能力、竞争强度和突破性创新行为四者之间的理论与实证模型,以高新技术企业数据为研究样本,利用Stata15.0软件探究企业突破性创新行为。本文研究可划分为三大部分:第
随着移动通信技术的发展,移动数据流量呈现出了爆发性增长,大规模天线技术、超密集组网技术等也成为了研究热点,与之密切相关的协作通信技术也得到了更多的关注。协作通信是
近年来随着移动互联网的快速发展,移动终端数量呈爆炸式增长,人们对无线数据业务的追求也随之不断提高。为迎接未来的挑战,大规模天线(Massive MIMO)系统的概念作为5G的关键
并购重组成为企业追求高成长的重要方式,自二零一零年以来在创业板企业中被广泛应用。创业板企业因其广泛具有轻资产,高成长性等特殊性,使得其资产的评估容易存在着高溢价,即
随着移动互联网的普及,移动视频业务需求呈现出爆炸式增长,使得无线带宽资源日益紧缺。视频广播方案是一种很有效的解决途径,可以同时为不同用户提供视频服务,大大节省了无线
太赫兹波是位于微波和远红外之间的一段电磁波,其具有很多独特的电磁特性,但是对该波段的电磁辐射的了解非常有限,因而此波段被称为THz空隙。近些年来,随着太赫兹技术的发展,
2维(2D)SnO半导体薄膜材料及在微纳电子器件中的应用问题受到了人们的广泛重视。近年来,各国科学家们已从SnO材料及器件的制备研究中发现,SnO具有较大的电子亲和势(3.7eV),其基本
在宽带无线通信系统中,单载波频域均衡(SC-FDE)技术能够有效地对抗由于信道频率选择性衰落而带来的码间干扰。在不增加系统的发送功率以及带宽的条件下,MIMO(Multiple Input