毛奇龄对于音乐的研究主要在礼乐、乐律、诗乐等方面得以体现。毛奇龄将清初音乐学界关于礼乐、乐律等问题一一细数。以“乐者人声也”、“乐器不是乐”、“乐书不是乐”、“乐不分古今”等篇章作为阐述,引经据考,力斥前人以阴阳五行附会乐理,今人妄图揣摩古乐图复兴古乐等思想,在其“乐不分古今”这一篇章中,毛奇龄针对儒者崇尚雅乐的论乐态度,提出了以俗入雅的观点,批判了当时学者昧古的风潮,反对崇古贱今的态度,注重今人现象,肯定现实生活中的音乐存在意义,尤其是俗乐。这些思想为清初的音乐领域洗清尘霾,点燃音乐思想的革新火炬。毛奇龄在诗乐的研究方面,也有其独到的见解。他反对诗三百不入乐这一观点,提出诗三百均可入乐。并分别从《诗经》风、雅、颂三个方面进行分析研究,得出风、雅、颂皆为乐调曲名。毛奇龄反驳朱熹,提出笙诗有辞、淫诗不淫等观点,并进行了详细的阐释。他认为笙诗本是有词,并非朱熹所认为的笙诗无词,而是由于某些原因亡佚了;且他以郑声非郑诗这个观点,对于朱熹淫诗一说进行了强有力的批判。诗与乐合而不同,赋诗作为一种情感表达的方式,需用音乐将之演唱表达出来,但其诗与乐的本义是不同的。毛奇龄这种经学思想与音乐思想相融合的特质,使得他的思想更为独特,极具价值,对中国音乐史学的研究有着极大的影响和价值。