医药行业作为我国新兴发展行业,在国民经济中占有非常重要的地位,但是因为起步较晚,相关政策不完善,加上医药行业投入高、风险大、回收周期长的特点,存在公司规模不大、研发创新能力较低、国际竞争力不足等问题,影响了医药公司快速发展。财务绩效评价能够透过财务指标数据分析及时发现问题,帮助公司正确认识其优劣势,调整战略提高竞争力,其中医药上市公司作为优良公司,在一定程度上说明了整个行业的发展方向,所以论文选择其作为样本企业,评估其财务绩效。论文在总结学习前人研究成果的基础上,选定在上海证券交易所和深圳证券交易所上市的38家A股医药公司作为研究样本,首先通过定性研究和定量分析筛选出20个财务指标,构建了医药上市公司财务绩效评价指标体系;接着,利用样本数据比较分析“十二五”期间医药上市公司财务状况;进一步,使用因子分析与聚类分析对各医药上市公司五年的平均财务绩效进行排名和分类,从而对医药上市公司财务绩效进行综合评价。论文研究发现,“十二五”期间我国医药上市公司虽然综合财务绩效良好,但还存在公司集中度低、研发能力弱、公司发展不平衡等现象,据此提出了包括提高产品毛利率、加大研发投入、加快公司并购重组、调整产品种类结构等一系列增强医药公司盈利能力、财务实力和竞争能力的对策。