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由于海洋微生物资源的特殊性及其在海洋药物研究开发中的巨大潜力，近年来，对海洋药源微生物资源的研究与开发备受关注。寻找药源微生物是获得药物先导化合物的前提和基础。真菌作为海洋微生物的一个重要组成，已成为筛选发现药物先导化合物的宝贵资源。海葵属腔肠动物，从中发现的大量化合物具有很高的药用价值。目前，对珊瑚礁系统中海绵、珊瑚等无脊椎动物来源的真菌多样性及真菌次级代谢产物的研究较多，而对海葵来源的真菌多样性的研究很少。本文对分离自中国南海涠洲岛海域的海葵Palythoa haddoni中的真菌进行分离鉴定，并进行多样性研究。通过形态学鉴定和分子鉴定，确定分离培养的海葵来源真菌共49株。通过序列比对分析，构建了基于ITS-rRNA序列同源性的真菌系统发育树，表明，海葵来源真菌具有丰富的物种多样性，分属于2门(Ascomycota,Basidiomycota),8目(Agaricales，Capnodiales, Diaporthales, Eurotiales, Hypocreales,Pleosporales, Trichosphaeriales and Xylariales)，18属(Alternaria, Cladosporium,Cochliobolus, Coprinellus, Exserohilum, Fusarium, Leptosphaerulina, Massarina,Microsphaeropsis, Myrothecium, Nigrospora, Penicillium, Pestalotiopsis, Phomopsis,Stachybotrys, Stagonospora, Teratosphaeria and Trichoderma)，其中，15个属的真菌为首次从海葵中分离得到；四属真菌Coprinellus, Leptosphaerulina,Stagonospora和Teratosphaeria首次从海洋环境中分离得到，并且未见其次级代谢产物的报道。对菌株进行抗菌活性初筛，获得活性菌株29株，特别是Capnodiales和Pleosporales目真菌普遍具有较强的抗菌活性。发现了五株分属于Cladosporium (TA26-2,TA26-6)， Nigrospora (TA26-9和TA26-58)， Fusarium(TA26-16)，具有明显抗菌活性的真菌；研究发现从海葵中分离到的Alternaria,Cochliobolus和Exserohilum属的真菌对白色葡萄球菌无抑制活性，而Nigrospora属的真菌对其有专性抑制作用。对一株海葵来源真菌Trichoderma sp.（TA26-28）进行发酵培养，从其菌体粗浸膏的乙酸乙酯相中分离鉴定了17个单体化合物(1–17)，结构类型包括内酯类化合物1，蒽醌类化合物（2-4），色原酮类化合物5，吲哚生物碱类化合物6，脑苷脂类化合物（7-9），甾体及其皂苷类化合物（10-17）。其中化合物5和9首次从海洋环境中分离得到。对化合物的生物活性进行评价，表明，色原酮化合物5显示广谱的抗菌活性，对所有测试菌株的最小抑制浓度为0.78-6.25μM，与阳性对照药环丙沙星相当。脑苷脂类化合物7和8对革兰氏阴性菌有选择性的抑制作用，而化合物9对测试菌株没有活性。由此推测，鞘氨醇片段的9位甲基可能是脑苷脂类化合物抗菌活性的重要基团。本文对海葵Palythoa haddoni来源的真菌多样性进行了研究，构建了系统发育树，通过活性筛选获得具有良好生物活性的菌株，不仅丰富了海洋药源微生物的菌种库，也为从海洋微生物中寻找药物先导化合物，开发海洋抗生素，提供了药源微生物资源基础。