随着我国改革的深入、政府治理模式的转变，伴着我国融入世界的步伐的加快，我国非政府公共组织的发展卷入全球非政府公共组织发展的浪潮中。然而，我国非政府公共组织在发展中存在一系列的问题，这不仅有历史原因，更重要的是制度上的缺陷。法律制度不健全，政府改革的滞后，现行法规和政策的严格限制，管理体制不顺，再加上非政府公共组织内部管理制度不完善等等，这都造成了我国非政府公共组织发展中所出现的问题。 本文针对这些问题，运用制度经济学理论，采用制度分析，比较分析的方法，试图在前人研究成果的基础上，对我国有关非政府公共组织现行制度及存在的问题进行制度分析，在此基础上，提出完善法律制度；健全管理制度、实行制度支持、强化社会监督制度、建立行业自律制度、健全内部管理制度等一整套的制度设计，以保障我国非政府公共组织的健康发展。