基于网络模型的泛癌症驱动基因识别方法

来源 :西安电子科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wobuwanlebuxingma
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
随着生物技术的进步和相关研究的深入,人们对基因功能的认知也进入了全新的层次,随之而来的是,癌症的治疗观念也正在发生着根本性的转变,即由经验科学向循证医学转变、由细胞攻击模式向靶向性治疗模式转变。大量的研究已经证明,在癌症的发生和发展过程中,只有少量的关键基因起到了决定性的作用,称之为“驱动基因(drivers)”,而大量与癌症相关的基因只是“乘客基因(passengers)”,它们的改变并不诱发癌症。现在的生物技术可以精确地对患者的癌细胞进行基因组测序,因此,如何准确地在发生改变的数百个乃至上千个基因中,识别出癌症的驱动基因,就成为亟待解决的问题,这对于癌症的有效治疗具有重要意义。目前,研究泛癌症驱动基因的方法大致可以分为两大类:一类是基于统计规律的研究方法。该方法通过整合目前多个权威数据库的癌症相关数据,借助统计规律或者矩阵变换,对数据进行分析,将特定的研究指标发生显著差异的基因作为检测到的癌症驱动基因。该类方法只着重于数学运算的应用,很大程度上忽视了数据的生物学意义。另一类是基于网络分析的研究方法,此类方法通过将癌症样本数据整合到生物网络上,把复杂网络分析的相关理论迁移应用到生物网络分析上,评估各个节点在网络结构中的重要性程度,将重要性最高的若干基因作为检测到的癌症驱动基因。该类方法识别的准确率很大程度上受限于生物网络信息的准确性和完整性。本文在前人研究成果的基础上,针对驱动基因识别的准确率受网络信息准确性和完整性影响过大的缺点,引入了已知的癌症驱动基因作为先验知识,对识别结果进行校正,从而提出了一种新的泛癌症驱动基因的检测算法。本文实验数据采用TCGA数据库中多种癌症的体细胞突变的样本数据,在进行质量控制和预处理后,映射到人类基因网络HumanNet中,并通过重采样的方法对网络进行了重构,提取泛癌症的基因网络。然后,结合复杂网络分析的相关理论,评估每个突变基因对网络的重要程度得分。为了减少结果对网络结构的依赖性,本算法引入了已知的癌症驱动基因作为先验知识,校正每个基因的得分。最后,选取得分靠前的突变基因作为候选的癌症驱动基因。本实验最终确定了20个候选的癌症驱动基因,其中有8个基因已被相关文献证明是一种或多种癌症的驱动基因。随后我们分析了未被验证的候选基因以及它们的邻近基因,发现绝大部分候选基因与已知的癌症驱动基因存在紧密的联系,这也从侧面反映出本文所检测的候选驱动基因具有较高的可信性。
其他文献
目的研究分析3种方案治疗合并胰岛素抵抗的多囊卵巢综合症的效果。方法选取2013年5月~2015年8月我院所收治的多囊卵巢综合症患者60例,将其分为对照1组进行行为治疗、对照组2
从19世纪起,海报是伴随着责任,义务及情感的依赖和附属诞生的,在历史上留下了印记。海报能够渗透进人们的意识,它们不仅是艺术的传达,更能表现社会和政治以及日常生活的模式
接受美学的期待视野肯定了阅读中读者的作用,这与传媒领域的“受众本位”观念不谋而合,将其应用于传播领域,能帮助更好地处理媒介与受众间关系。大学生是接触大众传媒内容的
从建筑业的角度来看,也可以找到有效控制工程造价的关键,关键是要找到一个平衡的位置,也不会失去水平,掌握项目成本的平衡,既能保证进度和质量,并有效的严格的管理成本,从而
<正>以过硫酸铵(APS)为引发剂,N,N′-亚甲基双丙烯酰胺(MBA)为交联剂,N-异丙基丙烯酰胺单体(NIPAAm)和腐植酸钠(SH)为原料,用溶液聚合法合成了聚 N-异丙基丙烯酰胺/腐植酸钠(
航路交叉角度是影响交叉点运行安全和效率的重要因素。针对多条航路交叉于一点的航路交叉结构,同时考虑多个高度层的运行以及航空器速度的变化,依据悲观决策原则,建立了航路
目的抗环瓜氨酸肽抗体(抗-CCP)和类风湿因子(RF)联合检测对类风湿关节炎(RA)的应用价值。方法选取2014年1月到2015年1月我院收治的类风湿性关节炎的80例患者作为研究对象,采
目前原油罐区的多米诺效应火灾风险分析中,未考虑罐区配备的各类安全防护。为在火灾风险分析的事故发生概率计算中考虑安全防护的性能,提出可用性和有效性两个概念对原油罐区
多主体系统的一致性问题是复杂性科学,网络科学,控制科学,生命科学中很重要的研究课题,如今已经得到了深入的研究。一致性,是指系统中的一群主体,彼此之间利用局部的信息交换
对大学生实施思想政治教育是高校共青团组织的主要职责和基本任务。高校共青团在大学生思想政治教育中所处地位特殊,发挥着重要作用。高校共青团在对大学生进行思想政治教育