房屋登记行政案件中登记机构的审查标准、善意取得制度的适用、行政与民事交叉案件的处理方式等问题，引起了学界和司法实践的关注。我国物权法对于登记机关的审查标准是形式审查还是实质审查没有明确的规定，形成了形式审查和实质审查之争。就法律内在逻辑、登记公信力角度、我国缺乏外部保障机制方面来说应采取实质审查方式，但因登记机关的法定职权与职务能力以及经济因素等实际条件的约束，实质审查方式的实现存在一定的困难。在现有状况下，登记机构对于登记申请，只能采取实质审查兼顾登记机构的审查职能的审慎审查标准。在司法实践中，经常出现行政诉讼中需要对民事法律关系进行认定。由于我国对行政纠纷与民事纠纷交叉问题处理缺乏明确的法律依据，人民法院对此类案件的处理意见也不一致，处理方式也多种多样，造成司法界相对混乱的局面。审理行政与民事交叉案件的关键在于厘清审理思路，结合案件的具体情况来决定是中止诉讼，还是进行一并审理。对于冒名处分行为是否能适用善意取得制度，在理论界和司法界存在争议。冒名处分行为并不能适应善意取得制度。首先，登记簿错误是不动产善意取得的前提条件，冒名处分并未出现不动产登记簿错误登记的情形。其次，善意取得的“善意”来源于对登记簿公信力的信赖，冒名处分的善意是相信对方具有“主体外观”而非“权利外观”。