为了研究西太平洋西菲律宾海东板比科尔陆架泥质区的不同层位沉积物中的古菌群落垂直方向上的分布特征,本文在以PCR技术为主的基础上,通过建立古菌16S rRNA基因文库,扩增了古菌16S rRNA序列,并对基因文库进行系统发育进化分析获得了465个有效克隆,63个OTUs （Operational Taxonomic Units）。同源性比较及系统进化树的结果显示,古菌序列分别来自泉古生菌（Crenarchaeota）和广古生菌（Euryarchaeota）,并主要以Marine Benthic Group B（MBGB）、Marine Group I（MGI）、Miscellaneous Crenarchaeotic Group（MCG）和Marine Benthic Group D（MBGD）为主,少量序列为Marine Hydrothermal Vent Group（MHVG）。研究结果表明,该垂直分布的5个不同层位的沉积物样品仅有5个古菌类群,古菌群落多样性并不高,且5个层位中的优势古菌类群稍有差异。其中MD3052J（5m）、MD3052R（6m）为该柱状样的特殊层位——火山灰层,MBGB为优势菌群且接近饱和状态;PCA（Principal Component Analysis）聚类分析时该两层也一起聚到了圈外,也足能说明该两层系属特殊层位。对马努斯海盆海底热液区沉积物中细菌和古菌多样性分布,同样以PCR技术为基础,构建了细菌16S rRNA基因文库和古菌16S rRNA基因文库。对所获得的序列进行系统进化和统计学分析发现,马努斯海盆海底热液区沉积物古菌含有8种类群多样性,主要以MBG-B为主,且有少量的MCG、Methanosarcina、MBGE、MBGD、VALШ和一些不知名的泉古生菌和广古生菌。细菌类群多样较高,共包含15门类,包括变形菌门（Proteobacteria） ,拟杆菌门（Bacteroidetes） ,硝化螺旋菌门（Nitrospiraceae）,螺旋体门（Spirochaetaeeae）,芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）,放线菌门（Actinobacteria） ,绿弯菌门（Chloroflexi） ,绿茵门（Chlorobi） ,浮微菌门（Verrucomicrobia）,疣微菌门（Planctomycete）,脱铁杆菌门（Deferribacteres）及四个待定门类（Candidate Division）OD1、OP8、WS3和TM6。其中变形菌门又包括α-、γ-、δ-、β-和ε-变形菌纲,且以γ-和δ-变形菌纲为主。研究结果表明,马努斯海盆不仅含有丰富的微生物类群,且还存在未被认识的新的物种。通过比对发现,比科尔陆架深海的古菌和马努斯海盆海底热液口的古菌均以泉古生菌为主,MBGB分布在各个层位中,且在火山灰层中占主导地位。但比科尔陆架两个火山灰层的古菌多样性相比海底热液口火山灰层的古菌多样性要低。马努斯海盆的古菌多样性要比细菌多样性要低,细菌占据着主导地位。以上实验结果为研究利用深海微生物资源提供有意义的科学数据。