森林生态系统被誉为“地球之肺”,对保障地球的生态安全具有极为重要的作用。在传统一味追求经济增长的发展观下,森林生态系统遭到了严重的破坏。随着人们对森林生态效益认识的深入,森林生态系统的保护工作越来越受到人们的重视。森林生态补偿制度作为协调森林生态系统保护中各方利益的机制,有效地促进了森林生态系统的保护。本文首先对森林生态补偿制度的研究和实践情况进行了梳理,发现森林生态补偿制度在理论研究和实践中都还存在着一系列的问题。其中尤为突出的是森林生态补偿标准的确定问题,如补偿标准偏低、制定方法不合理等。许多研究已经指出,补偿标准的确定是生态补偿制度建立中关键的问题。分析森林生态补偿标准出现问题的原因,本文认为对森林生态补偿相关基础理论研究的不足是一个重要原因。基础理论研究不足导致森林生态补偿研究中出现概念不清、分析不准确、无法形成统一认识等现象。森林生态补偿标准的研究以充分的森林生态补偿基础理论研究为基础。本文研究的一个重要组成部分就是对森林生态补偿基础理论和作用机制的系统研究。从对森林生态系统自然属性的讨论开始,逐渐深入对森林生态补偿制度基础理论的研究,明确了森林生态补偿制度建立的理论逻辑过程、森林生态补偿制度的实质、补偿的经济内容、理论基础等关键问题。认为森林生态补偿的实质是损失补偿机制,补偿的经济内容是森林经营者的经济产品回报损失。以此为基础,本文提出了基于机会成本的森林生态补偿标准确定思路,认为森林经营者的经济产品回报损失即为森林生态保护中的机会成本。并通过对森林生态保护中森林经营者机会成本内涵的深入分析,认为森林经营直接成本投入、森林经济产品回报损失和地区发展受限损失都是森林生态保护中森林经营者的经济损失,可以统一在机会成本的概念下进行讨论,作为森林生态保护中森林经营者机会成本的三层含义。引入分阶段补偿的思想,将经济社会的发展分为经济社会发展水平不高、经济社会发展水平提高和经济社会发展水平进一步提高三个阶段,并通过讨论建立了与森林生态保护中机会成本三层含义的对应关系,建立了基于机会成本的三阶段森林生态补偿标准模式。通过太白林业局天然林保护工程案例的实证研究,对基于机会成本三阶段补偿标准模式进行了应用,对结果进行了分析讨论。最后,根据全文的研究提出了政策建议并总结全文。本文通过对理论与实证的研究,以期对森林生态补偿制度的实践起到参考作用。