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柑橘（Citrus L.）是世界上重要的经济作物之一,也是全球第三大贸易农产品,具有重要的营养价值、药用价值和生态价值。宽皮柑橘原产于我国,在世界柑橘业中宽皮柑橘的地位仅次于甜橙,我国的宽皮柑橘品种繁多,目前正处于品种更新和结构调整时期,培育出外观美、品质优、产量高、易栽培一直是柑橘育种的目标。基于RAPD[1,2]AFLP[3-5]、SSR[6,7]等分子标记对柑橘性状关联分析的研究已有很多报道,但是基于全基因范围内SNP多态位点的全基因关联分析（GWAS）的研究近几年才显有报道。本研究利用240份宽皮柑橘的自然群体,基于GBS简化基因组测序技术,共获取遍布于整个柑橘基因组的112,768个高质量SNPs位点,对240份宽皮柑橘的10个重要性状（单果重、纵径、果皮厚度、果皮光滑度、可溶性固形物含量、可滴定酸含量、种子胚型、花药颜色、囊瓣数、果形指数）进行连续两年的表型鉴定,并利用表型数据及SNP标记进行遗传多样性和群体结构分析,将目标性状的表型多样性与基因的多态性结合起来分析,从而鉴定出与表型变异显著相关的基因位点,并对显著关联位点的40k区域内的候选基因进行挖掘。主要结果如下:1.利用表型鉴定对240份宽皮柑橘的18个表型性状统计分析,结果表明宽皮柑橘有较高的表型多样性,来源于美国的宽皮柑橘品种可溶性固形物和转化糖的含量平均值高于其他地理来源;来源于日本的宽皮柑橘单果重、横径和纵径大于其他地理来源,种子数显著少于其他地理来源;来源于长江流域的宽皮柑橘品种的果型、可溶性固形物、转化糖及还原糖含量大于珠江流域,但固酸比显著低于珠江流域。选育品种呈现果型大、果皮光滑、种子少、酸度低、糖度高等特点。群体进化树和主成分分析图表明青皮蜜橘是一份独特的柑橘资源,中国小果资源可作为一个独立的类群。筛选出纵径、果形指数、果皮光滑度、囊瓣数、叶柄长、叶宽、可溶性固形物含量、可滴定酸含量及还原糖含量等9个性状可作为鉴定宽皮柑橘的重要指标。2.利用GBS技术对240份宽皮柑橘资源进行测序,共获得96.3 Gb的测序数据,平均每个样本测序数据为401.26 Mb,经过过滤开发出112,768个遍布整个基因组SNPs多态性标记位点,基于获得的的SNP标记,进行PCA分析与系统进化树分析,两者结果基本一致。构建的系统进化树可以准确地对240份宽皮柑橘进行划分,其结果与植物形态学的鉴定结果吻合,表明GBS技术可用于种质材料的亲本的鉴定和亲缘关系的研究。基于GBS技术具有低成本、高通量等特点,可为今后未知品种鉴别及品种权保护提供技术支持。3.基于-log10（P）>6显著水平下,在MLM模式下,检测到2个SNPs与果实大小性状（单果重、纵径）相关,2个SNPs共找到8个候选基因,分布于染色体NW006262688.1、NW006262274.1上;与果皮光滑度相关的5个SNPs共找到17个候选基因,分布在染色体NW006262201.1、NW006263303.1上;与果皮厚度相关的3个SNPs位点关联区域找到17个候选基因,分布在染色体NW006262339.1、NW006261964.1上;与可溶性固形物含量性状相关的1个SNP位点关联区域共找到3个已知功能基因,这3个基因均在NW006262688.1染色体上;与可滴定酸相关的1个SNP位点关联区域找到7个候选基因,这7个基因也均NW006262688.1染色体上;筛选到6个与种子胚型显著关联的SNPs位点,在6个SNPs位点关联区域共找到34个候选基因,这34个基因均在NW006263303.1染色体上;筛选到10个与花药颜色性状显著关联的SNPs位点,10个SNPs位点关联区域共找到55个候选基因,分布在NW006262339.1、NW006262022.1染色体上;筛选到1个与果实囊瓣数显著关联的SNP位点,此SNP位点关联区域找到1个功能基因,此基因在NW006262022.1染色体上;筛选到6个与果形指数显著关联的SNPs位点,6个SNPs位点关联区域共找到27个候选基因,均分布在NW006262274.1染色体上。