羊驼是一种原产于南美洲的重要的毛肉兼用型动物,具有很高的经济价值。而腹泻会导致羊驼生长缓慢、体重减轻、经济效益低下,影响羊驼养殖业的发展。造成腹泻的原因很多,肠道原虫便是其中之一。但是,目前国内关于羊驼感染肠道原虫的报道较少。因此,本研究对山西省羊驼的毕氏肠微孢子虫、芽囊原虫、内阿米巴原虫和艾美耳球虫进行了分子流行病学调查和分子特征分析。本研究应用特异性PCR技术对从山西省采集的366份羊驼粪便样品进行了毕氏肠微孢子虫、芽囊原虫、内阿米巴原虫和艾美耳球虫的分子流行病学调查及其基因型/亚型/虫种的鉴定。结果显示,毕氏肠微孢子虫的总阳性率为4.4%（16/366）,芽囊原虫的总阳性率为23.8%（87/366）,内阿米巴原虫的总阳性率为18.0%（66/366）,艾美耳球虫的总阳性率为1.6%（6/366）。通过分析毕氏肠微孢子虫核糖体内部转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）序列,从16个阳性样品中鉴定出4个已知的基因型,分别为ALP1、ALP3、P和SH11。其中,ALP3是主要的基因型,SH11首次在羊驼中发现。另外,这4种基因型都具有人兽共患的潜力。利用多位点序列分型工具（MLST）对其ITS序列分析形成了8个MLGs,其中7个来自于基因型ALP3,1个来自基因型P,这进一步揭示了羊驼毕氏肠微孢子虫ITS基因型的多样性。通过分析芽囊原虫小亚基核糖体RNA（small subunit ribosomal RNA,SSU r RNA）基因序列,从87份阳性样品中鉴定出了3个基因亚型（ST5、ST10和ST14）。其中,ST10是主要的亚型,其次是ST14和ST5。ST5亚型具有人兽共患的潜力,这说明羊驼可能是人感染芽囊原虫的传染源之一。利用Eimeria macusaniensis特异性引物扩增艾美耳球虫阳性样品并未成功。通过对内阿米巴原虫小亚基核糖体RNA基因的序列分析发现,Entamoeba bovis是羊驼中最常见的内阿米巴原虫,本研究还发现9种新的序列,进化分析显示它们形成了一个新的分支。综上所述,本研究对山西省羊驼的四种重要的肠道原虫从感染率及基因型/亚型/虫种进行了分析。研究结果不仅对预防和控制羊驼肠道原虫病具有参考价值,也为深入阐明这几种肠道原虫的种群遗传学、人兽共患潜力和传播方式等提供重要数据。