赣江流经南昌后注入鄱阳湖,是鄱阳湖水量和水化学成分的主要来源,查明南昌城区对赣江水化学和细菌群落特征的影响,对赣江流域及鄱阳湖水环境保护有重要意义。本研究选取了赣江南昌段5个采样点（城区上游、城区中心和流经城区后的赣江南支、中支、北支）采集河水样品（2015年4月-2016年3月每月采样一次）,测定水体中的阴阳离子、碳氮磷营养物质和溶解态痕量金属浓度等水化学指标,采用高通量测序技术测定细菌丰度、多样性和群落结构。利用单因素方差分析、聚类分析研究赣江南昌段水化学指标的时空分布特征,基于主成分分析探讨南昌城区对水化学的影响。分析赣江南昌段细菌丰度、多样性和群落结构特征,基于冗余分析探究环境因子（水化学指标、温度和径流量）对细菌群落的影响,基于Source Tracker模型估算南昌城区对细菌群落结构的影响。结果表明:（1）赣江南昌段的水化学类型为HCO₃-Ca型,为低矿化度水。水质总体符合饮用水浓度标准,主要超标元素为Pb,样品超标率为5%,其次为Mn（3.33%）、Fe（1.67%）和NH4⁺（1.67%）。Ni和Cu不同月份的浓度没有明显差别,其他水化学指标差异显著。HCO₃^-、Cl^-、SO₄^2-、NO₃^-、K⁺、Na⁺、Ca²⁺、Mg²⁺、NH₄⁺、Mn和DOC含量的月变化主要受径流量影响,TP、Be、Al、V、Cr、Fe、Co、Ni、Cu、As、Mo、Sb、Ba、Tl、Pb和U受径流量影响小。（2）Cl^-、Na⁺、K⁺、Ca²⁺、DOC、Cr、Mn、Co受城区影响不显著;经城区后V、As、Mo、Sb、Tl浓度降低,HCO₃^-、NO₃^-、SO₄^2-、Mg²⁺、NH₄⁺、NH₄⁺-N、NO₃^--N、TP、Be、Al、Fe、Ba、U、Ni、Cu、Pb浓度升高。南昌城区下游三条支流的污染水平大小排序为:赣江南支>赣江北支>赣江中支,南支水化学指标显著升高的有:HCO3^-、NO3^-、SO₄^2-、Mg²⁺、NH₄⁺、TP、NH₄⁺-N、NO₃^--N、Ni、Cu、Sb、Pb。（3）赣江南昌段细菌优势类群为放线菌门（34.05%）和变形菌门（31.60%）,其次为厚壁菌门（15.49%）,拟杆菌门（9.13%）和蓝藻菌门（3.43%）。在属分类水平上hgcI_clade（13.29%）相对丰度最高。赣江南昌段细菌群落结构在采样点间没有显著差异,不同月份间差异显著。门水平分类上,只有变形菌门在不同采样点差异显著。（4）赣江南昌段细菌群落结构主要受温度和流量影响,其中在OTU分类水平上主要受温度影响,在门分类水平上主要受流量影响。温度、流量、EC和DOC是影响OTU的最佳环境因子组合;温度、流量、DOC是影响门水平细菌群落的最佳环境因子组合。水文气象条件对河流细菌群落的影响高于水化学指标。（5）南昌城区对河流细菌群落结构的影响为6.33%-34.67%,对赣江南支的影响程度最高,平均百分比为19.67%;其次为城市中心（14.50%）、赣江中支（13.03%）和赣江北支（12.69%）。