【摘 要】
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本研究利用生物信息学方法对拟南芥(Arabidopsis thaliana)中含有核苷酸结合区(NBS)和富含亮氨酸重复结构(LRR)的候选抗病基因中全基因组进行分析研究。包括NBS-LRR类型基因
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本研究利用生物信息学方法对拟南芥(Arabidopsis thaliana)中含有核苷酸结合区(NBS)和富含亮氨酸重复结构(LRR)的候选抗病基因中全基因组进行分析研究。包括NBS-LRR类型基因总量的确认、类型分析、物理位置分布和系统发生学关系等,并对其启动子区域进行了分析。在拟南芥全基因组中找到204个有NBS-LRR结构的基因,对拟南芥NBS-LRR基因家族进行了氨基酸多序列比对和系统树分析,NBS-LRR基因家族可分为四个亚家族。研究发现71.6%的NBS-LRR基因分布在一定的簇内,说明拟南芥基因组中抗病基因在进化过程中存在更多的复制现象。对NBS-LRR基因启动子转录起始位点(TSS)上游500bp和下游2000bp总共2500bp长度的序列分析得出,TSS位点的上游和下游序列的自由能分布也有差异。本文通过系统发生学分析以及启动子区域的预测,为加快拟南芥中的抗病基因克隆以及研究抗病机制和利用抗病基因来提高作物抗病育种功能提供重要的理论依据,也为研究相关基因家族的起源与进化提供借鉴。
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