农产品供求结构失衡、要素配置不合理、资源环境压力大、农民收入持续增长乏力等问题突出,随着农业现代化的进一步推进,传统的家庭经营方式日益显示局限性,农业生产、经营、管理过程中劳动力投入不合理、经营分散化、规模小、高投入与低效应、小生产与大市场、产量增加提升品质与农业劳动力减少等矛盾阻碍了农业现代化的发展。2001年,我国加入世贸组织,农民面临来自各国的市场的挑战,保护价收购的政策取消,农民被推向市场,有限的市场信息的渠道,信息传播速度慢,机械化程度不高,农业经营规模小,传统的农业经营模式依然不适合农业的发展,农民的收益受损,面临的市场风险更大,在此背景下农民专业合作社(简称合作社)经营理念得到了众多人的认可。自2007年《中华人民共和国农民专业合作社法》实施十年以来,合作社数量飞速增长,截止2017年底全国合作社已达到185934个,其中内蒙古农牧交错地区农牧民专业合作社数量为77710个,占41.79%的比例,但是数量增长的同时合作社运行当中出现运行不规范,治理机制不合理,出现“名实不符”“有名无实”“大农吃小农”“农户被参与”等现象,引发了人们对合作社发展前景和质量有了广泛的争议。在此背景下,选取内蒙古典型农牧业交错地区、国家重要的粮食生产基地、优质养殖基地之一通辽市科左后旗合作社进行调查,访问全旗合作社数量1%的22个合作社,社员总数0.6%的110个社员,160个非社员数据,通过获得的数据分析科左后旗合作社数量、发展趋势、经营模式及内部治理结构和治理机制现状。合作社内部治理结构主体包括社员大会、理事会、监事会以及管理人,治理机制包括激励机制、决策机制和监督机制;以博弈论与信息经济学和委托-代理理论为基础,建立分析合作社内部治理结构主体社员大会与理事会、理事会与管理人、社员大会与管理人、社员大会与监事会、监事会与理事会等之间的博弈模型,通过分析博弈主体的行为决策和内部治理机制中存在的问题,获得农民专业合作社发展前景不理想,包括社员没有得到更多的收益、合作社本质是股份合作公司,互利互助体系欠缺、合作社没有更好的治理机制,抗风险能力差,农业生产资料类合作社比较有发展前途,农产品类合作社发展前途担忧等结论。针对以上结论提出支持农产品类合作社发展,有效界定股份公司与合作社,规范合作社,强调合作社互助性宗旨,完善农村市场信息服务,建立有效的治理机制等建议。