行政调解作为一项重要的非诉争议解决途径,在我国专利的行政保护中扮演着重要的角色。但在目前实践中,因调解效力有限,调解后的调解协议缺乏强制执行力,不可避免的出现行政机关的调解职能被不断弱化等问题。为此,我们需进一步开发专利侵权纠纷行政调解的制度潜力,提升专利司法保护和行政保护的有效衔接,规范专利侵权纠纷行政调解司法确认机制,并对该制度进行改进以期充分发挥行政调解的作用,实现行政资源和司法资源的整合,完善我国专利侵权纠纷解决机制。专利侵权纠纷行政调解协议司法确认机制发展于人民调解协议司法确认机制,是指纠纷双方当事人经过专利行政主管部门的调解,达成了专利侵权纠纷调解协议后,为赋予该协议强制执行力而请求相应的人民法院对该调解协议进行审查同时确认其效力,该司法确认过程是一种特殊的非诉特别程序。专利侵权纠纷行政调解协议司法确认机制是一种崭新的专利侵权纠纷解决机制,与传统的专利侵权行政保护和司法保护相比,它结合了两者的优势,符合现阶段“大调解”解决纠纷的趋势也顺应了建设和谐社会的发展需要。想要一个制度充分发挥其应有的效能,其程序构造的完善与否将直接起到决定性的作用,建立起完善规范的专利侵权纠纷行政调解协议司法确认程序,是充分发挥这一制度优势的基础。本文除引言和结语外,共包含三章。第一章是对我国专利侵权纠纷行政调解的发展及其对司法保护的影响的介绍,主要包括我国专利侵权纠纷行政调解的发展路径与专利侵权纠纷行政调解对专利权司法保护模式的影响。第二章阐述我国专利侵权纠纷行政调解协议司法确认的制度基础与制度障碍,主要分析当前该制度存在的社会基础以及其在实践运用中存在的制度障碍。第三章是在第二章的基础上试图厘清和消除专利侵权纠纷行政调解协议司法确认制度的障碍,同时在该制度基本原则的指导下构建其具体的操作程序。