东方红水库地处新疆南部喀什地区叶尔羌河中段,是当地重要的生态功能型水库,2019年被划入叶尔羌河国家湿地保护区,生态功能区划极为重要。为探究东方红水库水生生物多样性及其与关键环境因子的关系,本研究于2019年3月～2020年11月,分春（3～5月）、夏（6～8月）和秋（9～11月）三季对东方红水库开展水环境监测及水生生物多样性资源调查,并开展水生生物及理化指标关系的研究,结果如下:东方红水库12个水体理化指标中,溶解氧处于I类标准,高锰酸盐指数处于Ⅰ～Ⅱ类标准,总氮超过国家Ⅲ类标准,其余均处于Ⅰ～Ⅱ类标准之间。总体评价水库水质处于Ⅲ类标准,水库处于中营养性水平。浮游植物共8门23目39科78属,其中硅藻门（Bacillariophyt）种类最多。排名前三位的优势种为短小曲壳藻（Achnanthes exigua）、谷皮菱形藻（Nitzschia palea）以及具星小环藻（Cyclotella stelligera）。浮游植物平均丰度为0.09×10~5cells/L,平均生物量为0.15 mg/L。多样性指数评价标准表明东方红水库水质处于寡污状态。冗余分析（Redundancy analysis,RDA）表明,主要影响东方红水库浮游植物群落结构的环境因子是水温（WT）、总磷（TP）及总氮（TN）。浮游动物共2门11科22属28种,其中枝角类（Cladocera）种类最多。排名前三位的浮游动物优势种为长额象鼻溞（Bosmina longirostris）、曲腿龟甲轮虫（Keratellacochlearis）、前节晶囊轮虫（Asplanchna priodonta）和广布中剑水蚤（Mesocyclops leuckarti）。东方红水库浮游动物在2个季节的丰富度无明显变化,Shannon-winner多样性指数和Pielou均匀度指数在夏秋两季差异性显著（P＜0.05）。RDA分析表明,影响水库浮游动物群落结构的主要环境因子是总氮（TN）、氨氮（NH4+-N）及高锰酸盐指数(CODMn)。鱼类共3目7科16属16种,鲤形目鱼类占比最大。优势种以麦穗鱼（Pseudorasbora parva）、鳙（Aristichthys nobilis）、鰕虎鱼（Eucyclogo biusnewberryi）和草鱼（Ctenopharyngodon idellus）等外来种为主。水库中3个多样性指数变化幅度较大,鱼类群落结构总体不稳定。综合营养评价指数表明水库呈中营养性。RDA分析表明电导率（EC）和矿化度（TDS）是目前影响库区鱼类群落结构分布的主要环境因子。本研究通过探究东方红水库水质理化指标、水生生物变化及其与环境因子的关系,旨在为丰富叶尔羌河流域生物多样性、构建流域内水库生态功能区划、维护塔里木河流域可持续发展提供科学依据。