F-box蛋白是Skp1-Cul1-F-box(SCF)泛素连接酶复合体的核心成分,在酵母中参与多种生命活动,如DNA复制、调节细胞周期、交配型转化等过程。然而,F-box基因家族进化的研究主要集中于植物和灵长总目,有关酵母的研究十分有限。对酵母中F-box基因数目的进化机制、选择压力模式、分子内共进化情况进行研究,有利于深入了解其基因组的进化机制,也为F-box蛋白的功能研究奠定理论基础。本文对酵母科(Saccharomycetaceae)10个酵母菌种的F-box基因进行进化分析,所获的主要结果如下:1、通过对酵母科10个菌种的全蛋白序列进行结构筛选,共确定了136个F-box基因,除F-box结构外,还鉴定了6种其他的结构域。2、通过构建系统发育树,136个F-box基因可分为20个直系同源组,每个直系同源组的蛋白都拥有相同的结构域组成,种系特异性的结构域增减事件并未发生。3、通过重建F-box基因数目在10种酵母中的进化历史,发现酵母科种间F-box基因的数目差别虽不大,仍发生了基因获得和丢失事件,且丢失事件比获得事件发生得更加频繁。基因的获得主要通过全基因组复制事件和散在重复过程实现,其中全基因组复制事件并未对菌种拷贝数增长做出显著贡献,而F-box基因的“丢失”主要是由F-box区域的变异引起的。4、使用Selecton软件和datamonkey服务器分别从F-box蛋白中检测出69和14个正选择位点,经TreeSAAP分析却只有26个位点可以引起氨基酸的性质发生剧烈的改变。说明单纯用氨基酸替代水平来衡量选择压力的做法,存在较大的局限性。5、通过CAPS程序分析F-box直系同源组中分子内共进化情况,共发现59组分子内共进化位点,其中15组共进化位点仅和疏水性显著相关(P<0.05),12组只与分子量的大小显著相关(P<0.05),14组与疏水性和分子量大小都显著相关(P<0.05)。