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林麝是我国兽类中具有极高经济价值和社会价值的一种资源动物。雄性林麝的麝香囊腺分泌的麝香在医药和香水行业具有非常重要的作用。近几十年来,随着国际市场对麝香的需求量不断增加以及人为的乱捕乱猎和栖息地破坏,林麝的数量不断下降,已到了邻近灭绝的边缘。人工养殖林麝已有50多年,但圈养林麝的种群因疾病等多种限制因素的困扰而发展缓慢。因此,非常有必要对这一物种展开科学研究,进一步加大保护力度。主要组织相容性复合体(Major Histocompatibility Complex, MHC)是脊椎动物中多态性最高的一个超基因家族,其编码的细胞膜表面蛋白在识别、呈递外来抗原并引发下游免疫应答反应的过程中发挥着非常重要的作用,是脊椎动物适应性免疫系统的重要组成部分。一个有功能的MHCⅡ类分子是由一个α链和一个β链非共价结合形成的二聚体,其分别由MHCⅡ的A基因和B基因编码。MHCⅡ类A基因和B基因exon2编码的抗原结合区具有非常高的多态性,与物种抵抗病原体的能力及适应复杂的环境直接相关。本研究以四川养麝研究所的115只林麝个体为对象,通过对MHCⅡ类经典的DR和DQ座位的分离、遗传变异分析和化脓性疾病相关性的分析,揭示了林麝MHCⅡ基因多态性的维持机制及其与化脓性疾病的密切关系。主要的研究结果如下:1.利用通用引物获得Mobe-DR基因部分exon2序列的基础上,通过基因组步移法结合长程PCR法?成功地获取了DR基因exon2序列两侧的内含子序列,继而成功地设计了座位特异性引物,并通过群体调查结果证实了其有效性,最终获得一个DRA座位,一个DRB座位(DRB3)。2.利用通用引物获得Mobe-DQ基因部分exon2序列的基础上,通过长程PCR法,成功地获取了DQ基因完整的intron2序列。通过对长片段序列的比对分析,依据同源序列设计引物,成功地获取到部分intron1序列。所设DQ座位的特异性引物通过群体调查结果证实了其有效性。最终获得了两个DQA座位(DQA1&DQA2)和两个DQB座位(DQB1&DQB2),3.本研究一共获得6个MHCⅡ经典座位,利用座位特异性的PCR-SSCP基因分型和测序方法,最终分离到34条等位基因(DRA,4条；DRB3,10条；DQAl,4条；DQA2,7条；DQB1,4条；DQB2,5条)。林麝的6个MHCII经典座位均为多态,与其他濒危的哺乳动物相比较,林麝的适应性免疫系统(MHCⅡ类)保留了较丰富的基因多样性。4.林麝MHCⅡA基因经研究表明均经历了净化选择,B基因则均经历了正选择,尤其是在B基因的抗原结合位点经历了显著的正选择作用,表明不同的座位经历了不同的选择压力。此外,系统发育分析表明跨物种进化是维持林麝各个座位基因多态性的主要机制之一。5.通过对化脓性疾病易感个体和抗病个体MHCⅡ各个座位上基因型和等位基因数据的统计学分析,与林麝化脓性疾病相关的等位基因一共有9条,其中4条等位基因(Mobe-DQA1*01, Mobe-DQA1*02, Mobe-DQA2*03和Mobe-DQB2*04)与化脓性疾病的抗性显著相关,有5条等位基因(Mobe-DRB3*07, Mobe-DQA1*03(or Mobe-DQAl*04)和Mobe-DQA2*05(or Mobe-DQA2*06)与化脓性疾病的易感性显著相关。与化脓疾病相关的基因型一共有13个,其中与抗性相关的基因型有6个(DRB3*01/03, DQA1*01/01, DQA1*01/02, DQA2*01/03, DQA2*02/04与DQB2*03/04(P<0.05));与易感相关的基因型有7个(DRB3*07/07, DQA1*03/03, DQA2*01/01, DQA2*05/05, DQA2*05/06, DQB1*01/03与DQB2*01/02(P<0.05)).此外,利用各个座位上等位基因的抗原结合区形成的不同单倍型及其基因型数据,通过分析获得与化脓性疾病相关的超级单倍型一共有6条,单倍型H1(DRA*h1/DRB3*h1/DQA1*h1/DQA2*h2/DQB1*h1/DQB2*h2)与H2(DRA*h1/DRB3*h4/DQA1*h1/DQA2*h2/DQB1*h1/DQB2*h1)与化脓性疾病的抗性相关,单倍型H3(DRA*h1/DRB3*h1/DQA1*h3/DQA2*h3/DQB1*h3/DQB2*h2), H4(DRA*h1/DRB3*h5/DQA1*h3/DQA2*h3/DQB1*h1/DQB2*h1), H5(DRA*h1/DRB3*h7/DQA1*h3/DQA2*M/DQB1*h3/DQB2*h2)与H6(DRA*hl/DRB3*h7/DQA1*h3/DQA2*h3/DQB1*hl/DQB2*hl)则与化脓性疾病的易感性相关。推断Mobe-DRA*02及与其相关的基因型在抗病组具有极高的频率,因Mobe-DRA*02与大部分的超级单倍型连锁,尤其是抗病的超级单倍型连锁所致；同时,Mobe-DRA*03釉Mobe-DRA*04的抗原结合区虽然与Mobe-DRA*02完全一致,二者因与易感的超级单倍型连锁,致使其本身和与之相关的基因型在易感组的频率较高。Mobe-DQB2*02和Mobe-DQB2*03的抗原结合区完全一致,二者亦因分别与易感的和抗病的超级单倍型连锁而在易感组和抗病组中的等位基因频率较高。易感等位基因、基因型与超级单倍型数目均多于抗病的等位基因和基因型数目,暗示圈养林麝易患化脓性疾病确与群体中这些易感等位基因、基因型与超级单倍型有着密切的关系。建议适时地引入新的种源,防止近交引起的易感等位基因的纯合子和杂合子在群体中的数目继续增多,使种源衰退进一步恶化。