基于GWAS筛选的SNPs(rs3803662和rs1338042)与胃癌预后的相关性研究

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胃癌是最常见的消化系统恶性肿瘤,在全世界肿瘤中发病率位居第四,死亡率位居第二,已成为危害人类健康的重要疾病之一。东亚、南美洲等国家属于胃癌高发区,在中国其发病率居各类肿瘤的首位。我国每年胃癌死亡人数接近全部恶性肿瘤死亡人数的1/4。胃癌可发生于任何年龄,但以55~70岁多见,男性多于女性,比例约为2:1。胃癌的发生是遗传因素和环境因素交互作用的结果。其确切的发病机制目前尚不明确。以往研究提示:饮食因素、幽门螺杆菌感染、癌前病变及家族遗传性是导致胃癌发生的高危因素。在我国,胃癌防治的现状是“一高三低”:发病率及死亡率高,早期诊断率低,手术根治率低,五年生存率低。近来,基因的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)对胃癌的发病风险和预后的影响引起关注,成为研究领域的热点,且已取得一定成果。遗传多态性使暴露在相同环境下的不同个体发病风险不同,且即使处于同一期的肿瘤患者预后也各不相同。有研究发现胃癌的遗传易感性与低共显性基因的变异有关。全基因组关联性研究(Genome-wide association study,GWAS)可以在人类全基因组范围内找出存在的序列变异,即单核苷酸多态性,从中筛选出与疾病相关的SNPs。在肿瘤基因水平上寻找预后指标是目前肿瘤研究的重点。已有研究显示,一些基因的变异参与影响多种癌症包括乳腺癌、胃癌的发生发展及预后。乳腺癌GWAS选出两个多态位点TOX3rs3803662和2q35rs13387042,本研究旨在对二者与胃癌预后的关系进行研究。采取病例-病例研究方法,分别分析基因型与患者生存结果的相关性,探讨rs3803662和rs13387042基因多态与胃癌预后的关系,寻找可以作为预测胃癌预后的分子标志,希望为个体化治疗提供更加合理的理论参考。第一部分TOX3rs3803662基因多态与胃癌预后的关联性研究目的:近些年GWAS共同发现了一个与乳腺癌遗传易感性相关的TOX3基因多态位点rs3803662。有研究显示rs3803662对乳腺癌预后生存也有影响。本研究假设TOX3rs3803662与胃癌患者的预后存在关联。方法:本研究采用病例-病例研究方法,选择880例行外科切除的胃癌患者作为研究对象。Kaplan-Meier方法用于计算生存时间并绘制曲线;Log-rank检验分析生存时间的差异。单因素和多因素Cox回归模型计算风险比(hazard ratios, HRs)及95%可信区间(confidence intervals, CIs)。采用SNaPshot方法检测基因型。3种基因模型(共显性模型、显性模型、隐性模型)用于评估基因多态性与胃癌患者预后的关系。统计检验均为双侧概率检验,P <0.05为差异有统计学意义。所有统计分析均采用SPSS13.0软件包进行处理和分析。结果:研究发现,TOX3rs3803662多态与总的胃癌预后不存在显著相关性。但在肿瘤组织类型分层分析中发现,在弥漫型胃癌患者中,与rs3803662CC基因型相比, CT/TT基因型可明显提高患者的生存时间(Log-rank P=0.030, HR=0.67,95%CI=0.46–0.96)。同时发现该保护作用在肿瘤直径>5cm,浸润深度T3和T4、淋巴结转移、无远处转移和无饮酒史的弥漫型胃癌患者中更加突出。结论:在弥漫型胃癌中,携带TOX3rs3803662CT/TT基因型患者较携带CC基因型者有较好的预后。TOX3rs3803662或可作为判断胃癌预后的生物标志。第二部分2q35rs13387042基因多态与胃癌预后的关联性研究目的:一些GWAS报道了2q35rs13387042多态与乳腺癌的发病风险有关,已有研究开始探讨rs13387042与乳腺癌预后的关系。本研究假设rs13387042对胃癌患者预后生存有影响。方法:选择915例行外科切除的胃癌患者作为研究对象,余同第一部分所述。结果:2q35rs13387042多态对总的胃癌患者预后无显著影响。针对老年患者进行分析,结果显示在显性基因模型中,携带GA/AA基因型的患者比携带GG基因型者可以相对提高7%的死亡率(HR=1.07,95%CI=0.85–1.36, Log-rank P=0.54),差异无统计学意义。在肿瘤>5cm的老年患者中,携带GA/AA基因型患者的死亡危险系数是携带GG基因型者的1.15倍。在肿瘤≤5cm老年患者中,携带GA/AA基因型患者的死亡危险系数是携带GG基因型者的0.75倍(HR=0.75,95%CI=0.47–1.21, Log-rank P=0.24)。二者与胃癌术后生存时间的关系均无统计学意义。在肿瘤≤5cm老年患者的进一步分层分析中显示,无远处转移(HR=0.68,95%CI=0.41–0.93)和肠型胃癌(HR=0.61,95%CI=0.33–0.97)患者的死亡风险显著降低。结论:2q35rs13387042多态不可作为独立判断胃癌预后的生物标志,rs13387042与老年胃癌患者的预后生存仍无相关性。有待于更多的研究发现与胃癌预后转归有关的分子标志,为胃癌预后的预测及治疗提供一定理论依据。
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