在我国,约有3,674个科学事业单位,对我国经济社会建设与发展有不可估量的作用。随着全球科技经济一体化趋势的增强,国家对科学事业的重视程度越来越高,科技投入和科研支出日益增加,随着科技投入力度的不断增加,如何合理配置资源,如何合理使用经费,如何合理控制成本费用,如何提高资金使用效率等问题都是目前科研管理热点问题。虽然近年来国家逐步加强对科研所的管理,积极推动内部控制在科研所的运用。预算管理是单位与组织在运作过程中重要的组织形式与制度,建立有效的预算管理制度、设计合理规范的预算管理流程可以有效的规避监管死角,防止舞弊和腐败等现象,保证国家职能的执行,进一步提高行政事业单位预算管理水平,规范内部控制,加强廉政风险防控机制建设。本文是以B科研所为研究对象,B科研所是典型的科技服务类事业单位,单位绝大部分收入都是财政拨款,随着政府部门预算管理改革的推进和2014年新预算法的实施,财政拨款预算管理要求日益严格,是事业单位预算管理建设也提出了更精细化、更严格的要求。本文在不脱离政府部门预算体系的基础上,又借鉴企业预算管理相关理论,在笔者自身从事科研所财务工作的基础上,通过案例分析的形式去研究预算管理。首先,结合科学事业单位预算管理活动,着重分析B科研所的预算管理现在及存在的问题,主要有:对预算管理组织机构不完善,预算编制内容和范围不统一,编制流程不完善等问题。然后结合分析的问题,从COSO角度分析B科研所预算管理不完善的原因:主要是控制环境不完善;缺乏风险评估机制;控制活动未到位;信息沟通不顺畅;缺乏有效监控。最后根据成因分析,提出完善B科研所预算管理的建议:完善控制环境;强化风险评估;加强控制活动;加强信息与沟通;完善监控体系。本文通过对典型的科研所进行案例分析,分析预算管理活动不完善的原因,提出完善预算管理的建议,以期对科研所预算管理建设提供了参考和借鉴。