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本研究以我国“八·五”至“十·五”期间育种单位选育的及近年从国外引进的40个红麻品种为材料，估算了红麻品种12个产量和纤维品质性状的主成分，以前3个主成分欧氏距离为基础作系统聚类分析，并以第1主成分分别与第2主成分和第3主成分向量作二维排序分类。并在上述研究的基础上，选择供试材料中有代表性的30份品种进行ISSR分子标记，用筛选出的多态性较好的17个ISSR引物对其进行PCR扩增，按Nei-li的方法计算其相似系数并进行聚类分析。试验结果表明： （1）在40份红麻种质中，前3个主成分累计贡献率达86.07％。第1主成分为韧皮纤维产量构成因子（53.44％），第2主成分为茎杆皮骨构成因子（24.94％），第3主成分为纤维品质构成因子（7.69％）。根据品种性状主成分表现，评选出综合性状优良的红麻新品种有福红952-1、福红2-1、KB11、福红992、SCS11-09、KB2、福红2号等7个。其中福红992、KB11、KB2和福红952-1等品种3个主成分构成因子协调最好。研究表明品种主成分二维排序散布图具有简便、直观、与实际表现相近的特点。 （2）在欧氏距离聚类图中，当取值D=51.08时可把40份品种分成4类，即1个大类群和1个亚类群，以及2个单一品种自成体系的个类（福红952—1、福红2号）。在D=39.12水平面上，第1大类又可分为3个小亚类群和5个相互距离较远的单一品种自成体系的个类，这5个品种分别为C2032、BG52-1、泰红763、金山无刺（迟）和福红7号。 （3）根据30份红麻材料ISSR数据构建的树状图可知，在切割线L1取值为0.785时可将供试材料分为1个大类群和一个由福红951和非洲裂叶两个品种构成的亚类群，以及一个由金山无刺（迟）构成的个类。说明这三个品种的基因型明显有别于其它供试材料，与其它品种的亲缘关系较远，表现出明显的遗传差异性。同时揭示了多数供试材料之间的基因型遗传差异较小。由此可见，我国红麻品种的遗传基础相对狭窄，应通过种质创新拓展红麻的遗传基础。本研究还 福建农林大学硕士学位论文表明，利用类群间的遗传差异性选配杂交亲本，能比较快地选育出基因互补的优良新品种;ISSR分子标记可提供品种遗传多样性和亲缘关系的有价值的生物学信息。