本文以HIV-1整合酶为研究对象，用同源模建、分子对接方法和分子动力学(MD)模拟方法研究其与DNA可能的结合位点、结合模式以及其与已知抑制剂的结合模式、结合强度，为寻找具有更好活性的抗HIV药物提供帮助。 本文主要包括以下工作：用分子模拟方法研究HIV-1整合酶与病毒DNA的相互作用；用分子对接方法研究HIV-1整合酶与硫氮硫扎平类抑制剂的相互作用。HIV-1整合酶是HIV-1病毒复制过程中不可缺少的一种酶，它负责将病毒DNA整合到宿主DNA上。对于其整合过程在生物化学和生物物理学机理方面仍有很多未知之处。X-ray和NMR实验已经给出了HIV-1整合酶(IN)三个结构域的结构，但目前，完整结构的HIV-1整合酶与DNA的复合物还没有解析出来。因此，从原子水平上研究整合酶四聚体与病毒DNA相互作用位点的结构信息，并对整合酶四聚体-DNA复合物结合模式进行合理的预测，对于理解整合酶的催化机理，进而进行基于结构的整合酶抑制剂设计具有重要的意义。用分子模拟方法研究HIV-1整合酶与病毒DNA的相互作用，结果发现AB和CD两个二聚体的类似物在结构上是不同的；金属离子对于DNA在整合酶上的对接位置有重要的影响；对应于区域2的对接复合物有占优势的对接能量范围。这些发现可以对药物设计和阐明整合机理提供一个更加明确的结构基础。