串联质谱技术自出现就成为蛋白质组学研究的重要技术之一。串联质谱仪中的肽碎片包含几种主要的离子类型,如:常规离子,内部离子,亚胺离子及中性损失等等。这些离子的质荷比可以按照肽断裂反应的简单规则精确计算,但是,离子的(相对)强度不能从肽的氨基酸序列进行算术计算。预测这些离子的强度和理解碎裂过程对蛋白质的鉴定非常重要。在基于串联质谱(MS/MS)的蛋白质组学中,理论质谱的预测对肽序列的鉴定具有重要意义。近年来,一些研究者致力于预测多肽的理论质谱,包括基于动力学模型的方法和基于机器学习的方法,然而这些方法存在某些不足之处。本文提出了基于序列到序列模型(sequence to sequence,seq2seq)的肽碎片离子强度预测模型pep2peaks。相比于其它用于预测碎片离子强度的模型,pep2peaks不仅可以预测常规离子的强度,也可以预测内部离子的强度,同时,pep2peaks的输入不受肽序列长度的限制,输出也不受离子带电数的限制。本文在多组数据集上验证了pep2peaks对于常规离子能够达到PCC中值在0.95以上的预测性能,对于内部离子能够达到PCC中值在0.90以上的预测性能,并在多组数据间的交互实验证明pep2peaks具有良好的泛化性能和抗干扰能力。此外,对于内部离子,本文详尽分析了其数据特性,在数据处理部分,通过数据论证了20ppm标注误差的可靠性以及不同长度的内部离子在二级质谱中存在的可能性。在实验部分,结合pep2peaks研究了离子长度为1和2的内部离子,并考察了不同特征集对内部离子预测的影响。