本文对内蒙古中南部东周时期和金元时期古代人群的遗传结构及族源进行了较为系统的分析。首先,对内蒙古中南部地区东周时期新店子古代人群的遗传结构分析表明这批古人与现在的西伯利亚人的亲缘关系最近,结合考古学、人类学的研究,推测新店子古代人群是从蒙古高原以及外贝加尔地区南下迁徙而来的牧人,他们的到来可能为战国晚期中国北方长城地带游牧文化带的形成起了重要的作用。其次,对内蒙古中南部地区金元时期的汪古部的遗传结构进行了分析,结果表明汪古部的遗传结构十分复杂,其母系主要含有亚洲谱系成份,同时也包含了欧洲谱系成份。研究发现这个古代部落与现在属于不同突厥部族后裔的乌兹别克族和维吾尔族人的亲缘关系最近,支持了汪古部的突厥起源说。再次,对元上都古城遗址周围的砧子山墓地和一棵树墓地的古代居民的mtDNA分析证明了砧子山墓地古代人群的族属是汉族,并且可能主要是来自北方的汉族;而埋葬在一棵树墓地的古代人群与现在的达斡尔族和蒙古族的亲缘关系最近,推测其族源是蒙古族。从分子生物学角度重现了元代复杂的社会结构和人群的历史动态。总之,以上的研究揭示了内蒙古中南部不同时期、不同地点古代人群的遗传结构、族源以及这些古代人群与现今人群的亲缘关系和古今人群的连续性,同时也为中国北方长城地带游牧文化带的形成以及元朝时期复杂的社会结构以及族群的迁徙提供分子生物学上的证据。