论文部分内容阅读
目的: 1.探讨染色体微阵列分析技术(chromosomal microarray analysis,CMA)在先天性心脏病(congenital heart disease,CHD)婴幼儿中,进行遗传病因学研究的价值。 2.探讨CHD不同分组致病性拷贝数变异(copy number variants,CNVs)检出率的差异性。 3.探讨使用CMA检测染色体微缺失/微重复与CHD的相关性。 4.为CMA技术在CHD且染色体核型正常婴幼儿中,作为常规检测方法提供理论依据。 方法: 1.选取2013年1月至2014年12月在广州市妇女儿童医疗中心诊断为CHD且染色体核型结果正常的106例婴幼儿纳入研究。 2.抽取所有患儿外周血,使用Qiagen DNA提取试剂盒提取胎儿样本DNA,并使用NanoDrop分光光度计对DNA的浓度和纯度进行测量。 3.根据Affymetrix公司提供的标准实验操作流程对样本DNA进行消化、连接、扩增、纯化、片段化、标记信号、杂交及洗涤、染色与扫描芯片操作。 4.使用CHAS软件对扫描芯片产生的CEL.文件进行分析。 5.根据本实验室的内部参考数据库和DGV、DECIPHER、OMIM、UCSC Genome Browse,CHD wiki及PUBMED等在线外部数据库对CHAS软件分析产生的拷贝数变异进行比对分析,判断所检测出的CNV性质。 结果: 1.106例患儿经CMA检测,拷贝数变异(copy number variants,CNVs)的检出率为96.3%(102/106),所检测片段大小范围为102kb到13.8Mb之间。其中,良性CNVs的检出率为68.9%(73/106),致病性CNVs的检出率为28.3%(30/106),VOUS的检出率为2.8%(3/106)。 2.单一类型CHD和复合类型CHD的致病性CNVs检出率分别为31.7%(20/63)和23.3%(10/43),两者之间无统计学意义(P>0.05)。在不同CHD类型分类中,致病性CNVs的检出率分别为:隔膜缺损23.3%(10/43);房室间隔缺损0(0/3);圆锥动脉干缺损12.5%(2/16);左室流出道梗阻35.7%(5/14);右室流出道梗阻45.5%(5/11);左室流出道梗阻+右室流出道梗阻75%(3/4);单心室0(0/1);以及其他类型35.7%(5/14),包括动脉导管未闭33.3%(4/12)和先天性肥厚型心肌病50%(1/2)。 3.孤立型CHD、CHD合并心外结构异常、CHD合并精神发育迟滞/生长发育迟缓,以及CHD合并心外结构异常+精神发育迟滞/生长发育迟缓4组中,致病性CNVs的检出率分别为19.5%(8/41),20%(5/25),63.2%(12/19)和23.8%(5/21)。其中CHD合并精神发育迟滞/生长发育迟缓婴幼儿组中致病性CNVs的检出率明显高于孤立型CHD婴幼儿组(63.2%与19.5%,P=0.001)及CHD合并心外结构异常婴幼儿组(63.2%与20%,P=0.004)。 4.30例患儿的CMA结果为致病性CNVs,包括22q11微缺失综合征(n=6),22q11微重复综合征(n=1),Williams-Beuren综合征(n=6),Angleman综合征(n=1),Wolf-Hirschhorn综合征(n=2),Schinzel-Giedion综合征(n=1),15q24微缺失综合征(n=1),1p36微缺失综合征(n=1),Cornelia de Lange综合征(n=1),马凡综合症(n=1),Opitz G/BBB综合征(n=1),6q24LOH(n=1),以及CNVs覆盖DECIPHER、ISCA数据库已知致病片段(n=7)。 5.30例检出有致病性CNVs的患儿中,80%(24/30)患儿的致病性CNVs包含相关的心脏致病基因。 结论: 1.染色体微阵列分析技术在婴幼儿患先天性心脏病且染色体核型结果正常的人群中,使总体致病性CNVs的检出率达到28.3%,VOUS的检出率为2.8%。 2.在单一类型先天性心脏病和复合类型先天性心脏病婴幼儿组中,使用CMA对致病性CNVs的检出率无明显差异。 3.CMA在先天性心脏病不同类型婴幼儿分组中,致病性CNVs的检出率由高至低分别为:左室流出道梗阻+右室流出道梗阻,先天性肥厚型心肌病,右室流出道梗阻,左室流出道梗阻,动脉导管未闭,隔膜缺损,圆锥动脉干缺损。左室流出道梗阻和/或右室流出道梗阻最可能与染色体微缺失/微重复有相关性。 4.CHD合并精神发育迟滞/生长发育迟缓婴幼儿组中,致病性CNVs的检出率最高,达63.2%。 5.在患CHD和/或其他异常的婴幼儿中,使用CMA检测,除常见22q11微缺失/微重复综合征及Williams-Beuren综合征外,还发现多种不同类型综合征Angleman综合征,Wolf-Hirschhorn综合征,Schinzel-Giedion综合征,15q24微缺失综合征,1p36微缺失综合征,Cornelia de Lange综合征,马凡综合症,Opitz G/BBB综合征。 6.染色体15q11.2区段缺失和1q43-q44区段缺失可能与CHD的发病有相关性。DVL1,SKI,STIM1,CTNNA3和PLN基因可能作为CHD致病的候选基因。 7.染色体微阵列分析技术有重要的遗传病因学研究价值,推荐作为CHD且染色体核型结果正常婴幼儿的常规检测方法,特别是CHD合并精神发育迟滞/生长发育迟缓的婴幼儿。