底栖动物是水生生态系统的重要组成部分，在生态系统的物质循环和能量流动中具有重要的作用。新疆位于我国西部，大部分区域处于沙漠和荒漠状态，因而河流流域对于新疆的社会发展、生态环境保护具有十分重要的意义。额尔齐斯河和乌伦古河是新疆北部阿勒泰地区最重要的两条河流，居民多在这两条河流域依河而居，具有重要的生态功能。额尔齐斯河是我国唯一的北冰洋水系河流，乌伦古河为内流河，本文对这两条河流流域的主要水体一水库和湖泊的底栖动物进行了系统的调查研究，一方面阐明这两个流域内底栖动物群落生态特征，为进一步研究我国高纬度、荒漠地区、冷水性河流的生态学提供理论基础：另一方面也为当地的渔业资源保护和开发利用、以及维持水域生态环境的持续健康发展提供支撑。　　 于2008年7月（平水期）、10月（枯水期）和2009年5月（丰水期）在额尔齐斯河流域和乌伦古河流域的主要湖泊和水库进行了底栖动物采样，并同步测定水质，分析流域内底栖动物群落结构、时空分布格局、物种多样性等内容，结果显示：　　 1.pH、温度、盐度、透明度和溶解氧等生态因子在丰水期较平水期和枯水期好，乌伦古河流域较额尔齐斯河流域好。　　 2.额尔齐斯河流域共采集到底栖动物48种，其中寡毛类2种、软体动物7种、水生昆虫29种（摇蚊类25种）、其它类群9种。乌伦古河流域共采集到底栖动物39种，其中寡毛类2种、软体动物2种、水生昆虫23种、其它类群11种。　　 3.不同采集期底栖动物平均密度变化趋势两个流域基本一致，其中额尔齐斯河流域：丰水期731.28(ind/m2)＞平水期142.5(ind/m2)＞枯水期135.52(ind/m2)，乌伦古河流域：丰水期377,14(ind/m2)＞平水期223.36(ind/m2)＞枯水期190.85(ind/m2)。　　 4.额尔齐斯河流域底栖动物生物量在三个采集期的变化趋势为：丰水期13.23(g/m2)＞枯水期2.60(g/m2)＞平水期0.79(g/m2)，乌伦古河流域生物量变化趋势为：丰水期5.16(g/m2)＞平水期2.19(g/m2)＞枯水期1.04(g/m2)。　　 5.额尔齐斯河流域物种多样性指数(H’)在丰水期、平水期、枯水期分别为0.60，1.20，1.02，物种丰富度指数(D)分别为1.94，2.41，1.35，物种均匀度指数(J)分别为0.44，0.81，0，80。乌伦古河流域底栖动物物种多样性指数H’在丰水期、平水期、枯水期分别为0.68，1.10，1.00，物种丰富度指数D分别为1.63，1.77，1.85，物种均匀度指数J分别为0.61，0.71，0.7。　　 6.额尔齐斯河流域水生昆虫的优势种为约翰大型粗腹摇蚊（Macropelopiajohnseni)、绿色长跗摇蚊（Tanytarsus viridiventris)、盐生摇蚊群（Chitonomusgr.salinarius)、羽摇蚊群（Chironomus gr.plumosus Linn）、指突隐摇蚊(Cryptochironomous digitatus)、摇蚊一种(Diplocladius sp.)。软体动物优势种为扁蜷螺（Planorbidae sp.）和白璇螺(Gyraulus albus)。三个采集期以平水期和丰水期出现的优势种类较多，为6种，枯水期各采样点出现的优势种较单一。乌伦古河流域的底栖动物优势种共有5种，其中水生昆虫有4种，分别为绿色长跗摇蚊（Tanytarsus viridiventris）、羽摇蚊群(Chironomus gr.plumosus Linn）、摇蚊一种(Chironomus gr.plumosus Linn)、水蝇幼虫(Ephydra)。　　 7.大多数采样点以摇蚊类底栖动物为优势种，综合水质、物种多样性的研究结果表明：两大流域大多水体己呈现污染状况，污染原因可能与水体用途和水文环境特点相关。　　 8.总而言之，额尔齐斯河流域和乌伦古河流域底栖动物种类数较少，水生昆虫在总种类中所占比例较大，底栖动物群落结构简单。　　 9.本论文的创新点：本论文研究了中国唯一一条北冰洋水系河流-额尔齐斯河及邻近内陆河-乌伦古河流域的底栖动物分布概况，研究范围广阔，在国内尚属首次，并创新性的运用底栖动物分布特点研究了整个流域内的生态状况。