事业单位改革是全面深化改革的重要组成部分,目前事业单位改革已经进入了体制机制创新的关键阶段,内部控制作为一项机制安排,能够创新事业单位传统的管理模式,对推动事业单位依法管理、依规行事有着重要的促进作用,同时也是事业单位应对外部形势变化,实现创新发展的重要保障。本文的研究对象Y事业单位作为一家中国人民银行的分支机构,隶属于中国人民银行领导和管理,不仅仅有金融行业的风险属性,同时也担任着公共部门管理的职责。在我国大力推进金融体制改革的背景下,Y事业单位维护金融体系稳定,促进地方经济健康稳健发展发挥出了重要作用。一个地区的金融体系是否完善和安全,取决于金融机构内部控制和资产质量,以确保对金融机构提高最后贷款的能力。以目前Y事业单位的整体情况来看,内部控制的整体水平仍然滞后于现实需求。本文研究采用了文献分析法、案例分析法以及比较研究法等研究方法,基于委托代理理论、新公共管理理论、公共受托责任理论等理论对Y事业单位内部控制问题展开了研究,研究发现Y事业单位内部控制存在内部控制环境不健全、风险评估不完善、内部控制活动不规范、缺乏健全的沟通机制、内部监督机制欠缺等问题。针对这些问题,本文结合Y事业单位的实际情况,提出了构筑良好的内部控制环境、建立行之有效的风险评估体系、强化与提升内部控制活动、建立畅通的信息沟通机制、健全有效的内部监督机制等内部控制改进方案,并强调要进一步加强内部控制文化建设、人才队伍建设、建立健全内部控制激励约束机制等保障措施,以期能够为提高Y事业单位内部控制水平提供有益的参考。