本研究以12个金花梨变异单系为材料，并以金花梨为对照，通过田间调查、果实品质分析，初步筛选出了综合性状表现优良的变异单系。并以金花梨18个变异单系的嫩芽为试材提取DNA，对其进行了RAPD分析。结果表明： （1）金花梨在大面积推广栽培过程中发生了遗传变异，供试单系在树体基本性状、物候期、坐果、单株产量、果实品质、叶片光合效能和抗性等方面均表现出一定的差异，部分变异单系个别性状或综合性状优于金花梨。通过鉴定分析，综合性状表现较好的变异单系是J₄、J₁₀、J₁₃、J₁₄。 （2）经金花梨基因组DNA提取方法研究表明，磨样时在鲜样中添加0.10g／g的Vc而进行改良的CTAB法是提取梨DNA的最佳方法，嫩芽是最佳提取材料，其次是新梢和成熟叶片。 （3）通过金花梨18个变异单系的RAPD分析表明，当遗传相似系数为0.85时，可将金花梨及其18个变异单系分为五大类：即J₁、J₂、J₄、J₅、J₁₀、J₆、J₁₆为第一大类；J₉、J₁₃、J₁₇、J₁₅、J₁₈、J₁₄为第二大类；J₃、CK、J₈为第三大类；J₁₁、J₁₂为第四大类；J₇为第五大类。说明金花梨各变异单系在遗传物质上发生了变异。 本研究还对18个变异单系的生物学特性、果实品质、DNA提取方法和RAPD分析的有关问题进行了探讨。