LCSM(激光共聚焦扫描显微镜)是上世纪80年代发展起来的一项划时代意义的高科技新产品。由于它的高分辨率与三维层析特性，迅速在生物医学、形态学、分子细胞生物学、神经科学、药理学、遗传学等领域中占有了重要的研究与应用地位。遗憾的是，激光共聚焦扫描显微镜的价格相当昂贵；更为重要的是，激光共聚焦扫描显微镜这一领域一直被国外所垄断。为了从根本上改变这种尴尬的市场局面，我们实验室与美国Sunnico Inc.Co.合作从2000年着手研究，并取得了突破性的进展。目前完成了整个系统的理论研究与第一代样机。在这套系统中，为了达到用户的可视化需求，我们对层析图像三维可视化进行了大量的研究，提出了AMC(Advanced Marching Cubes)算法，并实现了集二维处理、三维可视化及数据管理一体化的配套软件：Sunnico共聚焦扫描显微镜图像管理系统。该系统于2001年10月份在深圳举行的高新产品展示会上展出，获得了好评。 本硕士论文是对近两年本人研究工作的总结，全文分为六章。第一章是绪论，首先对三维显微术进行了分类概述，然后介绍了共焦扫描显微术及本论文研究内容。第二章对CSM的高成像分辨率特性进行了理论分析，并简单介绍了我们所研制的反射式CSM的基本结构。第三章概述了科学计算可视化，主要包括可视化技术的概念、参考模型、意义，以及分类、主要方法与应用。第四章是LCSM的配套图像软件研制，内容主要涉及软件的设计方法研究、图像处理功能介绍以及三维重建的实现，并着重介绍了软件系统的三个核心算法。第五章介绍了我们研制的样机系统及几个样品测试结果，并对测试结果进行了分析。第六章是总结与展望，提出了目前样机系统的不足与相应的改进方向。