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肠道微生物作为共生菌与动物机体健康息息相关,再促进宿主消化吸收、增强免疫和抵抗致病菌等方面发挥了重要的作用。猪种的品质是养猪行业的一项重要指标。本研究针对“杜大长”三元杂交猪和豫南黑猪这两种不同的猪种,主要采用高通量测序技术和PCR-DGGE梯度电泳技术,分别探究其肠道微生物菌群比例和多样性特征,旨在探索肠道微生物菌群结构与两种猪之间的关联性,从而了解两猪种间肠道微生物存在的差异,为进一步揭示肠道微生物在猪机体内的影响,为猪品种改良和优化育种提供新的思路和方向。试验一不同肠道区段菌群结构多样性研究本试验采用PCR-DGGE技术结合相似性分析方法分析了“杜大长”三元杂交猪和豫南黑猪空肠组、回肠组、结肠组和盲肠组的肠道细菌群落结构的区别,并分析了时间轴上不同日龄(包括保育期和育肥期)的肠道细菌群落的动态变化,试图揭示不同品种不同日龄阶段肠道菌群结构的变化和差异。结果显示:1)豫南黑猪空肠DGGE图谱可鉴别条带分别有育肥猪23.00±0.6条,仔猪23.00±0.6条,三元杂交猪分别有育肥猪21.67±0.3条,仔猪14.33±2.6条,其中仔猪间差异显著(P<0.05)。2)三元杂交猪回肠DGGE图谱可鉴别条带分别有育肥猪22.67±0.3条,仔猪16.33±2.3条,豫南黑猪分别有育肥猪23.67±0.3条,仔猪23.67±0.9条,其中仔猪间差异显著(P<0.05)。3)豫南黑猪结肠DGGE图谱可鉴别条带分别有育肥猪23.67±0.9条,仔猪25.00±0.0条,三元杂交猪分别有育肥猪23.33±1.8条,仔猪19.00±1.5条,其中仔猪间差异显著(P<0.05)。4)豫南黑猪盲肠DGGE图谱可鉴别条带分别有育肥猪25.00±0.6条,仔猪22.00±0.6条,三元杂交猪分别有育肥猪24.67±0.9条,仔猪22.00±1.0条。随着肠道形态结构的顺序由小肠到大肠,DGGE优势条带平均由13.3条逐渐增多到23.9条,育肥期的肠道微生物菌群条带平均为22.9略多于仔猪期的19.8,空肠、结肠和盲肠的相似性结果一致,均为两种品种仔猪体内相应区段的肠道微生物菌群结构多样性差异最大。由结果可知,不同日龄阶段肠道细菌群落结构有变化,并且不同的肠道区段其相应的变化趋势也不尽相同,但主要规律为保育期的肠道菌群结构丰富,随着日龄的增加,结构逐渐趋于单一化。据此,我们认为不同生猪的肠道微生物菌群结构与猪种之间存在着关联性。试验二不同猪种肠道微生物菌群特征研究本研究应用Illumina高通量测序技术和生物信息学分析技术,研究“杜大长”三元杂交猪和豫南黑猪小肠、大肠的肠道内容物微生物多样性特征,分析微生物群落差异是否与猪种遗传特征具有相关性。结果显示,共获得有效序列208 737条,优质序列比例最高的为样品豫南黑猪大肠组(BB组),达到98.04%;最低的为样品豫南黑猪小肠组(BS组),仅为93.96%;平均每组样品有46 863个有效序列,43 888个优质序列,2 971个特异性序列,1 018个OTUs;BB组物种丰度最高,三元杂交猪小肠组(WS组)物种丰度最低,两种猪大肠样品中的物种丰度较高,均匀性好;BB组群落均匀度较高,群落多样性较高,BS组菌群丰度最高;小肠内容中的微生物种类更多,三元杂交猪大肠的微生物种类最少;门分类水平种类主要包括:厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、软壁菌门(Tenericutes),这四大菌门总比例高达97.94%,但这4种优势菌门在各组样本中所占比例存在差异。在门水平上,厚壁菌门构成了绝对的优势菌群,在除WS组之外的三组中占绝对地位;在两个大肠组中,拟杆菌门属于第二大优势菌群;在属水平上,乳杆菌属是主要菌属而BS组显著高于其他3组。PCA检测显示不同品种生猪的肠道微生物多样性存在差异。系统进化树分析结果显示,软壁菌门细菌主要存在于“杜大长”三元杂交猪小肠中,拟杆菌门细菌主要存在于“杜大长”三元杂交猪大肠中,毛螺菌主要存在于豫南黑猪小肠中,乳杆菌主要存在于豫南黑猪大肠中。以上结果表明不同的肠道内环境可能导致了微生物菌群的迁徙,不同的猪种与肠道微生物菌群特征具有很大相关性。