基于Taqman探针联合DNA结合染料的COLd-PCR用于KRAS突变快速筛查的研究

来源 :大连医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:okyshishuo
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
临床上及早发现基因突变对肿瘤的个体化治疗有着非常重要的意义。目前,常规PCR+Sanger测序检测突变应用最为广泛,但该法只能检测含量在15%-20%以上的突变基因,并且操作繁琐、价格昂贵,其它方法也各有不足,现缺少一种简便、快速、价廉、灵敏、仪器常见、可同时对多个突变位点进行初步筛查的方法。为解决上述问题,本文采用基于Taqman探针联合DNA结合染料的COLD-PCR(coamplification at lower denaturation temperature-PCR)用于快速KRAS突变的筛查。其中,COLD-PCR利用DNA双链的熔解温度与其序列相关的性质,通过改变变性温度,能在大量野生型基因中选择性地富集突变基因;Taqman探针联合DNA结合染料法是指在实时荧光定量PCR(real-time fluorescent quantitative PCR,qPCR)反应体系中同时加入DNA结合染料和针对野生型序列的Taqman探针用于终点荧光信号的检测。该技术可选择性富集和筛选与野生型探针不匹配的各种突变,即可同时筛选多种突变,而不论突变是已知或未知、单个或多个、点突变还是长串突变。KRAS基因突变被发现广泛存在于包括肺癌在内的多种癌症,检测KRAS突变的临床意义重大,本文通过对肺癌中KRAS基因突变的检测探讨该方法的可行性。  目的:建立基于Taqman探针联合DNA结合染料的COLD-PCR法检测KRAS基因突变,验证其可行性,并应用于临床样本中KRAS突变的快速筛查。  方法:1.选取KRAS纯合野生型和纯合突变型细胞株;设计特异的引物、针对KRAS野生型序列的探针及突变型序列的探针(均用ROX标记);提取细胞株DNA,用常规PCR扩增,产物测序验证基因型。  2.用染料(EVAgreen) qPCR法分别扩增KRAS突变型和野生型DNA,逐渐降低变性温度,以突变DNA有扩增而野生DNA基本无扩增时的变性温度为COLD-PCR的最佳严格解链温度(critical denaturation temperature,Tc),建立COLD-PCR循环条件。  3.在染料qPCR体系中加入野生型探针,优化体系及常规PCR循环条件,建立Taqman探针联合DNA结合染料的常规qPCR法(方法一)。  4.在方法一的基础上,将常规PCR循环条件改为COLD-PCR,建立基于Taqman探针联合DNA结合染料的COLD-PCR法(方法二)。  5.用两种方法分别扩增不同KRAS突变比例的标准品,记录EVAgreen染料与ROX标记探针的终点荧光强度并计算EVA/ROX比值,分别统计分析三组EVA/ROX的平均值及标准偏差,计为means+SD。以能准确检测到区别于纯野生型KRAS基因EVA/ROX值的最小EVA/ROX值所对应的标准品比例为最低检测限。  6.将两种方法中的野生型探针换成突变型探针,分别扩增不同KRAS突变比例的标准品,观察染料及突变探针的荧光强度及趋势,验证方法一、二可行性。  7.收集25例肺癌患者血样、提取DNA,用两种方法分别检测KRAS突变。检测有KRAS突变的血液样本,取其余下DNA用常规PCR试剂盒,以常规PCR或COLD-PCR循环条件扩增,再Sanger测序,精确验证是否有KRAS突变。  结果:1.测序结果验证了两细胞株均含预期基因型。COLD-PCR时的Tc值为80.5℃。  2.两方法检测不同比例KRAS突变标准品,得到了终点信号EVA/ROX的means±SD,方法一和方法二最低检测限分别为10%、5%。比较两方法的最低检测限可得:与常规PCR循环条件相比,COLD-PCR条件下能更好的富集突变。  3.两方法中野生型探针替换成突变型探针后,观察到染料和突变探针的荧光强度及趋势均符合预期,验证了两方法的可行性。  4.25例血液样本中,方法一未检出KRAS突变,方法二检出一例有KRAS突变,分析该样本EVA/ROX的比值,对比方法二标准品的比值,可以半定量的判断该样本KRAS突变比例在5%-10%之间。  5.方法二检出有KRAS突变的血样,常规PCR条件扩增的产物测序未见KRAS突变,COLD-PCR条件扩增的产物测序有KRAS突变。不但证实了方法二的准确性,还说明与常规PCR相比,COLD-PCR能更好的富集突变,提高了下游测序检测突变的敏感性。  结论:1.本研究成功建立了基于Taqman探针联合DNA结合染料的COLD-PCR法,最低检测限为5%,比常规PCR+Sanger测序法的15%-20%高。该方法能用血液样本,具有无创性以及简便、快速、价廉、灵敏、仪器常见等特点,原理上能同时筛选多种突变,可用于KRAS突变的快速筛查。  2.与常规PCR相比,COLD-PCR能更好的富集突变,提高了下游测序技术检测突变的敏感性。基于Taqman探针联合DNA结合染料的COLD-PCR法初筛后有突变的样本可将余下DNA行COLD-PCR,产物测序,达到精确检测突变的目的。
其他文献
新课改的教学已进行多年,笔者积极投身到新课改的改革大潮中,体会新课改,实践新理念.站在新课改的课堂上,施展自己的教学才华,创新课堂教学,在我的课堂上,学生与老师角色互换
旋转抛物面型多反射镜拼接结构的天线在空间激光多点间激光通信中有着重要的应用。选取不同的旋转抛物面基底面型,系统有不同的通信范围。针对作为基底的旋转抛物面面型进行
贺州学院本着“地方高校要为地方经济服务”的指导思想,结合区域经济实际,从培养计划、课程设置、教材教法、师资队伍,实习实训基地建设等各方面进行了即时有效的改革,构建了
一、亲近大自然,为幼儿寻找绘画的素材自然环境是孩子接触的最真实的环境,它可以满足孩子多方面的发展需要,使他们在快乐的童年生活中获得有益于身心发展的经验。大自然为孩
结合国内电煤价格市场化改革背景,对动力煤期货合约设计路径与选择提出针对性建议,认为应尽快完善我国能源金融市场,以便于国家的宏观管理,并为能源经济升级、转型拓展操作空
进入21世纪以来,提高教师的信息素养成为了促进教师专业发展的重要途径,以计算机多媒体技术和网络技术为核心的信息技术成为中学数学教师必备的教育技术.如何科学合理地利用
学位
一、新课标及高考大纲对古典诗歌教学的要求(一)《普通高中语文课程标准(实验)》对古典诗歌的阅读要求。1.学会鉴赏文学作品,能感受形象,品味语言,领悟作品的丰富内涵,体会其
目的:   在细胞离子通道水平研究腺苷(adenosine Ade)对原代培养的SD(Sprague-Dawley)大鼠海马神经元上大电导钙激活钾通道(large conductance calcium-activated potassiu
“减负”一直是多年来中小学教育教学工作的热门话题,备受社会关注.本文所谈的“减负”主要指减轻学生过重的课外作业负担.导致学生课外作业负担过重的因素是多方面的,笔者将