研究控制山羊毛色的Agouti基因，对于揭示山羊毛色的形成机理及创新利用毛色基因进行毛皮动物育种具有积极的理论和实际意义。我们采用了实时荧光定量PCR技术研究白色、棕灰色和黑色山羊皮肤组织中Agouti基因mRNA表达量的差别。本试验以白色山羊为对照，采用2-△△CT方法测定Agouti基因在白色、棕灰色和黑色山羊皮肤组织中的表达量为白色＞黑色＞棕灰色。表达量在棕灰色和白色皮肤中存在显著差异，在棕灰色和黑色中也存在显著差异，但在白色和黑色中没有显著差异。结果表明不同毛色山羊皮肤组织中Agouti基因mRNA表达量是有差别的。　　 对山羊Agouti基因5UTR区进行群体测序分析后得到三个突变位点，分别为g.C6474T,g.C6579T和g.T6703A。得到九种基因型，分别为GG、AA、GA;GG、AA、GA;AA、TT、AT。经群体遗传学分析后得出山羊Agouti基因g.C6474T,g.C6579T和g.T6703A位点突变与山羊毛色表型有关，白色山羊在三个位点上的杂合体基因型频率明显大于纯合体，棕灰色山羊的杂合体频率也是大于纯合体，黑色山羊的纯合体明显大于杂合体。白色山羊群体在g.C6474T和g.C6579T位点的T等位基因频率明显大于C，在g.T6703A位点，C等位基因频率明显大于T;黑色山羊群体在g.C6474T和g.C6579T位点的C等位基因频率明显大于T，在g.T6703A位点，T等位基因频率明显大于C。综合分析可看出Agouti基因在三个位点的基因型在各毛色中都有差异，等位基因频率在白色和黑色山羊群体之间有明显差别。表明突变对毛色是有影响的，进而推断突变对Agouti基因mRNA表达也是有影响的。　　 对各位点的不同基因型Agouti基因mRNA表达量进行分析比较，结果显示，不同基因型表达量之间的差异不显著。毛色与基因型互作结果显示:在g.C6579T位点，CC基因型在黑色山羊群体中的表达量（△CT=3.57±1.18）大于白色(△CT=4.28)。在黑色和棕灰色山羊群体中，杂合体的表达量明显小于纯合体，而在白色山羊群体中，并没有明显的差别，说明位点突变对不同毛色Agouti基因mRNA表达量是有影响的。不同基因型表达量的显著性检验结果表明，在g.C6579T位点和g.T6703A位点的CC与CT和AT与TT之间在黑色山羊群体中的表达量差异显著，其它基因型之间表达量差异不显著。说明5UTR变异对不同毛色山羊Agouti基因mRNA表达量是有影响的。