股权结构对公司治理有着重要的决定作用,股权结构影响公司的运行发展、运转情况,最后牵连至公司的效益利润。很长时间,我国坚持遵守认同“一股一权”,阿里巴巴合伙人制度在其上市后开始被国家关注,这一制度与双重股权结构有着相似的本质。双重股权结构开始在我国企业中初见应用,双重股权制度在我国并不成熟,而国外大部分企业都采取双重股权结构,所以研究双重股权结构非常必要。本文首先对公司治理的理论做了阐述,介绍了双重股权结构的概念和特点,以不完全契约论、两权分离理论、委托代理理论为基础,以阿里巴巴上市公司为例,分析双重股权结构对公司内部治理的影响。介绍了阿里巴巴的建立,董事会管理层人员特点,以及上市前后股权结构的变动,分析其采用阿里巴巴合伙制度的原因,简要分析了阿里巴巴最近三年的财务状况,写到了双重股权结构对阿里巴巴内部公司治理的效用和不利,尽可能发扬双重股权结构优势,提出完善公司内部治理的建议。双重股权结构造成管理者滥用职权,增加管理者与股东的代理成本,稀释股东权利,损害少数股东的权益,产生利益冲突,普通股东的权力受到较大限,可能发生合伙人控制风险。为降低双重股结构带来的危害,采用下面的举措:改善法律环境,既能保障公司自治,又可以保护投资人的利益,强化信息披露,加强对股票持有者的监督,对中小股东实行救济制度实行激励与约束机制,让代理人成为剩余索取权的持有者,令公司治理的效益在这种股权结构下,得到极大限度的发挥。