生境破碎化是生物多样性丢失的首要原因，也是造成近几十年长江流域渔业资源衰退的重要因素之一。本研究利用微卫星分子标记对长江中下游流域不同生境7个湖泊中300多尾红鳍原鲌进行了群体遗传分析。研究结果显示这些群体具有显著的小尺度(fine-scale)遗传结构(Fst=0.062，P<0.001)，每个群体都具有较高的基因多样性(gene diversity)(H>0.9)，但均不同程度地偏离哈代—温伯格平衡(Hardy-Weinberg Equilibrium)，在原本连通的保安湖和梁子湖间存在微弱却极为显著的遗传分化(FST=0.0323，p<0.01)。这些提示近几十年人类活动造成的梁子湖群生境破碎化，对红鳍原鲌的群体遗传多样性产生了负面影响，也促进了群体间的遗传分化。本文的研究结果表明，微卫星标记是研究近期生境破碎化对长江流域鱼类群体的遗传效应的有力工具。　　 鲤鱼(Cyprinus carpio L.)在中国淡水养殖业中占据重要地位。来自表达基因编码区的EST(expressed sequence tag)标记在基因组作图和分子标记辅助育种研究中有很高价值。本文作者利用GenBank数据库中鲤鱼EST开发可用于遗传作图的鲤鱼EST标记，根据鲤鱼EST3UTR设计特异性引物，采用单链构象多态性(SSCP)分析法检测其多态性。在已设计的67对引物中，49对可扩增得到稳定的特异性条带，12对(25.5％)引物扩增的EST在1个鲤鱼回交家系中具有单链构象多态性(SSCP)，其等位基因分离比在回交家系和单倍体群体中均符合孟德尔规律(1:1或3:1)。单倍体的SSCP条带数目约为二倍体SSCP条带数目的二分之一。此外还选用4对多态性EST引物对洞庭湖鲤鱼进行了群体遗传分析。多态性的EST-SSCP标记尽管遗传变异性较低，但是作为来源于编码区的I型(Type I)遗传标记，在鱼类基因组作图和群体适应性遗传多样性研究中有较好的应用潜力。