本文针对生物DNA多序列比对问题,提出了基于LZ算法的渐进式多序列比对方法—LZ_MSA,其空间向量是采用10种复制方式进行构造,使得多序列比对方法LZ_MSA中的两两比对时间复杂度为O(N log N)。该方法特点是:序列比对转为向量比对,指导树可动态修正。采用BAlisBASE库中的标准数据集的5个子集,对LZ_MSA与ClustalW,MAFFT进行测试比较,结果表明本文方法能在保证比对精度的前提下,大大缩短了比对时间。本文研究了生物信息学中的渐进式多序列比对算法,主要研究的内容如下:首先,介绍了序列比对涉及的基本内容:序列比对问题的描述,序列比对涉及的打分系统,替换矩阵,序列比对标准测试数据集和评价标准等。其次,对ClustalW渐进式多序列比对方法进行了深入研究,通过对其实现过程具体分析,指出了其优点与不足。然后,针对ClustalW中两两比对计算量大,容易陷入局部解的不足,提出以LZ算法为基础的渐进多序列比对方法LZ_MSA,使用Microsoft Visual C++开发工具设计并实现了一个基于Windows操作系统的多序列比对程序LZ_MSA。最后,利用BAliBASA库中的测试数据对LZ_MSA进行测试,并与ClustalW,MAFFT进行对比分析,结果表明LZ_MSA与其相比具有可比的精度,而时间上却有更小的开销。这也表明该方法是有效的多序列比对方法。