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反刍动物拥有非常特殊的消化系统,其瘤胃内定植了高密度的微生物,能够降解植物纤维,为宿主提供可吸收的营养物质,一旦瘤胃内微生物组成发生了改变,将会直接影响动物正常的生理功能,甚至引发某些疾病。有研究发现,饲粮和品种是影响瘤胃微生物多样性的重要影响因素,但以往的研究缺乏一种高效、低成本的测定微生物序列的方法,新兴技术高通量测序方法能够通过深度测序获得样品中绝大部分微生物的序列,因此,本研究采用最新高通量测序技术对比了不同饲粮以及不同品种对山羊瘤胃微生物多样性的影响。试验一通过全价料(CF)和全粗料(AF)两个饲粮处理组6只山羊,采用单因素2*2拉丁方设计来研究不同的饲粮对山羊瘤胃内微生物多样性的影响,每只羊单笼饲养,自由饮水,预饲期14d,正式试验期7天,在试验期最后一天采样,第一期试验结束后,原AF组山羊转为饲喂CF组饲粮,原CF组山羊转为饲喂AF组饲粮,然后进行下一期试验。提取样品总DNA,并采用最新高通量测序技术miseq测序平台以及细菌古菌通用引物515f/806r对瘤胃微生物16S rRNA的V4区域进行测序,利用QIIME软件对测序结果进行分析,结果发现两个处理组中拟杆菌门和厚壁菌门是山羊瘤胃内优势菌,瘤胃球菌属、Lachnospiracea_incertae_sedis等纤维降解菌的相对含量随着饲粮纤维含量的升高而显著增加,与之相对,假单胞菌属、厌氧弧菌属等随着饲粮中蛋白和脂肪的升高而显著增加。虽然两个饲粮处理组微生物群落组成差异较大,但是普氏菌属、丁酸弧菌属和假丁酸弧菌属等核心菌群在饲粮处理组间的差异并不显著。说明饲粮的变化对于这类瘤胃核心菌群的影响相对较小。另外weighted unifrac距离矩阵表明CF组和AF组组内相似性分别为62.76%和67.94%,组间相似性为61.99%±7.08。PCoA聚类图表明各个样本大致根据自己所在处理组的不同而相互聚集在一起。试验二采用高通量测序技术以及细菌/古菌通用引物(515f/806r)研究品种对山羊瘤胃微生物多样性的影响,本研究利用6只波杂山羊(B组)以及6只南江黄羊(N组)作为实验对象,每只羊单笼饲养,自由饮水,两组均自由采食黑麦草,预饲期14d,正式试验期7天,在试验期最后一天采样,提取样品总DNA、测序、软件分析同试验一,结果显示拟杆菌门和厚壁菌门这两个优势菌门在两个处理组中相对丰度没有差异,但是相对丰度较小的变形菌门、浮霉菌门和绿弯菌门在两组中则有显著的差异,进一步分析发现主要是脱硫弧菌属、反刍杆菌属以及寡养单胞菌属这三个属在N组中的相对丰度高于B组,脱硫弧菌属和寡养单胞菌属属下的微生物大多数为条件型致病菌,但是它们本身在N组中的含量较低,另外一些重要的共享属例如普氏菌属、梭菌属、丁酸弧菌属、以及瘤胃球菌属等纤维素、多糖降解菌的相对丰度没有差异,这也说明品种差异对绝大部分的微生物没有产生影响。综上所述,饲粮的差异,品种的不同,都会引起山羊瘤胃微生物的改变,但是主要的优势菌门以及一些重要的共享属相对丰度变化不大。