土地制度是农村经济制度的基础，它不但影响农业资源的配置效率，还关系到城乡差距及全社会的协调与稳定。因此，研究农村土地制度变迁，了解与土地相关的经济现象和制度运行的经济原因对于推动农村社会生产力发展，解决有效需求不足具有重要的意义。目前国内外关于土地制度变迁的研究很多，但大多数是侧重于从产权、资本和制度的角度研究土地的经济关系，分析土地制度形成的过程，较少考虑政治因素。本论文运用新政治经济学的研究方法，运用现代经济分析及技术工具对农村土地制度变迁进行探索性研究。本文首先分析了我国土地制度演变的轨迹，并重点研究了转型期农村土地制度变迁过程。我国土地封建所有制的废除不是通过和平和行政的程序完成的，农民取得的土地产权始终没有消除国家对财产的影响，这使得政府在制度变迁中一直居于主导地位。即使在体制转轨和经济转型的背景下，土地制度变迁仍然不可避免地继承了这样的方向。中央政府的主导地位决定了其偏好对制度变迁的路径和结果起着决定性作用，其他利益主体在与其博弈时只能通过改变政府预期的收益来影响其下一轮决策。转型期以来，虽然我国进行了一系列的土地制度改革，优化了农村经济结构，但是土地制度依然不完善。现行土地制度存在的主要问题是：土地产权主体界定不清，导致集体的机构成员取代了集体权利主体的地位；土地使用权残缺使土地承包权不具有真正的排他性；城乡土地二元分割排除了农民在权利束中最核心的权利—处分权，使国家在农地转为非建设用地过程居于唯一垄断地位。与此同时，土地征用制度也存在一系列问题，首先国家以“公共利益”为名征用土地，但是相关法律对“公共利益”这个概念无明确界定和程序上的控制，征地补偿范围过于狭小，补偿标准偏低等。土地制度的缺陷对经济产生的影响是深远的。首先，它限制了土地的正常流转，使碎化的土地难以实现集中经营，制约了农业生产效率的提高，使增强农产品国际竞争力变得遥遥无期；其次，征地制度的缺陷强化了地方政府通过土地增加财政收入的意识，在各地方政府以土地获利的激励下，其所制造的外部不经济会产生强大的“集聚效应”，在全国范围内是无法转移出去的，不利于对耕地的保护；再次，由于农民的土地权益受到损害，无法真正分享土地的增值收益，加大了城乡居民之间的贫富差距，使农民的城市化进程远远低于农村土地的城市化进程。与此同时，城乡二元土地制度使地方政府低成本发展工业成为可能，刺激了地方政府的投资冲动，加大了其投资不合理的倾向。通过深刻剖析我们会发现，现行土地制度缺陷的深层次原因是我国的市场经济还没有脱离政府的控制和主导。由于我国缺少社会自发演进土地制度的政治许可，农民的博弈力量又过于微弱，中央政府总是基于自身的制度需求垄断土地制度的设计，并对土地市场进行干预和控制。而土地制度在执行过程中，地方政府在经济与政治的双重激励下具有机会主义倾向。对于地方政府的经济人行为，我国缺乏有效的监督和约束机制，制度的漏洞总会被其利用并很快在各级地方政府之间形成一致同意的行动策略。因此我国现行土地制度的改革也应当从制度设计和制度的执行两个方向来进行。从制度设计来看，我国的工业化已经基本能够依靠自身积累来发展，并具备一定反哺农业的能力，所以，土地制度首先应当摆脱税赋的附属品地位。由于我国土地制度所表现出来的低效主要是由妨碍土地正常流转的政策性和制度性原因造成的而非所有权的归属，土地的产权制度改革应当在土地集体所有制的基础上进一步完善，同时它也是改革成本最小的路径。因而，应当强化土地承包经营权，在此基础上各地应根据自身的资源情况积极探索土地流转制度。针对征地制度的缺陷，其改革应当对“公共利益”范围进行合理界定并设置程序上的保障，补偿标准要结合当地经济发展水平和土地供求关系来确定。从土地制度的执行来看，改变地方政府对土地“集体所有权”的强行介入和对土地管理权的滥用是关键所在。这需要转变地方政府的职能，优化地方治理模式，建立有效监督和约束地方政府行为的机制。土地制度改革是一个系统工程，土地制度的流转依赖于金融支持和完善的社会保障体系，而社会化的中介服务有利于土地市场走向成熟。因此，在土地制度改革的同时应当同时进行配套制度的改革，包括农村金融制度、社保制度的改革，同时建立社会化中介服务机构，提高市场的运作效率。