基于叶绿体基因组测序对中国野生葡萄进化及系统发育的研究

来源 :中国农业科学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:storm_shen
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本实验针对常规方法难以分离野生葡萄叶绿体及提取其cpDNA的特点,以部分中国野生葡萄为试验材料,探寻一个简便、快速获得野生葡萄完整叶绿体及高质量cpDNA的方法。但此方法并不适用于所有的中国野生葡萄种,为了阐释中国野生葡萄的进化及系统发育进程,本研究采用高通量测序技术对19个中国野生葡萄种(20个株系)、3个北美种、1个欧亚种和1个圆叶葡萄的全基因组DNA进行简化基因组重测序,利用生物信息技术得到其完整的叶绿体基因组序列,并对其进行特征分析及比较。本研究的主要研究结果如下:1.与柱式植物叶绿体DNAout试剂盒相比,改良的高盐-低pH法得到的叶绿体浓度高、杂质少,且其cpDNA质量高,纯度好,能满足后续测序要求,更适合野生葡萄叶绿体的分离及cpDNA的提取。2.19个中国野生葡萄种(20个株系)、3个北美种、1个欧亚种和1个圆叶葡萄的全基因组DNA的OD260/OD280和OD260/OD230值均符合建库测序要求,且琼脂糖凝胶电泳显示DNA条带明亮一致,无RNA等的干扰。建库测序所出的数据质量非常好,平均碱基测序错误率为0.03%,Q20(%)均>95%,Q30(%)均>90%。3.本研究共组装得到20个完整的和5个非完整的葡萄叶绿体基因组,对20个完整的葡萄叶绿体基因组进行特征分析并比较。结果:桦叶葡萄(嵩山1号)在叶绿体基因组大小及横跨LSC/IRB相邻边界的ycf1基因和位于IRA区段的trnN基因、位于IRB区段的rpl23基因距离IRA/SSC和IRB/LSC相邻边界的距离与其它中国野生葡萄种差异显著;单/二/三/四/五碱基重复的SSR多态性在20个试验材料中均有分布,而东南葡萄(三清山1201)和红叶葡萄中还有六碱基重复;系统进化树支持葡萄属植物分为圆叶葡萄亚属和真葡萄亚属,真葡萄亚属又包括北美种群、欧亚种群和东亚种群,而东亚种群中20个中国野生葡萄的系统进化树表明,刺葡萄(黑果)分支最早,较原始;证实了塘尾葡萄和刺葡萄(白果)不同于中国野生刺葡萄(黑果),存在外来血缘;塘尾葡萄、刺葡萄(白果)、闽赣葡萄、山葡萄(山葡萄S48-3)、燕山葡萄、东南葡萄(三清山1201)和桦叶葡萄(嵩山1号)较为进化。
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